PDB-3wis: Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wis

タイトル

Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB in complex with FMN: A Cubic Protein Cage for Redox Transfer

要素

Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / methanopterin / dihydromethanopterin reductase / flavin / protein cage

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Bobik, T.A. / Cascio, D. / Jorda, J. / McNamara, D.E. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of dihydromethanopterin reductase, a cubic protein cage for redox transfer
著者: Mcnamara, D.E. / Cascio, D. / Jorda, J. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.

履歴

登録	2013年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wis.cif.gz	93 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wis.ent.gz	71.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wis_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wis_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3wis_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	3wis_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mwgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mwg-1 6b7e-3 6ccm-2 6b7a-3 6chm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

ヘテロ分子

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
562 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	13_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	14_556	-y,-x,-z+1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_545	y,z-1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	34_545	-y,z-1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	35_555	y,-z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	36_555	-y,-z+1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	41_545	x,z-1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	42_545	-x,z-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	43_555	-x,-z+1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	44_555	x,-z+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	53_455	z-1/2,x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	54_455	z-1/2,-x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	55_555	-z+1/2,-x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	56_555	-z+1/2,x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	69_455	z-1/2,y,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	70_455	z-1/2,-y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	71_555	-z+1/2,y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	72_555	-z+1/2,-y,-x+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.840, 183.840, 183.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH
2	1	A-309- HOH

#1: タンパク質	Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA) 分子量: 22103.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_B0583, Bxe_B2440, DmrB / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13QT8
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0M (NH4)2SO4, 20mM Tris HCl pH 8, 100mM NaCl, 5% glycerol, 4mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→91.92 Å / Num. obs: 21516 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	0.931	0.954	5.04	38593	1561	1555	0.974	99.6
1.95-2	0.968	0.756	6.83	38376	1511	1510	0.772	99.9
2-2.06	0.975	0.602	8.56	34864	1482	1482	0.615	100
2.06-2.13	0.984	0.461	10.84	37400	1415	1415	0.47	100
2.13-2.2	0.989	0.359	13.58	37103	1394	1394	0.366	100
2.2-2.27	0.993	0.284	16.99	35359	1356	1355	0.289	99.9
2.27-2.36	0.996	0.226	20.36	33440	1295	1295	0.23	100
2.36-2.45	0.997	0.186	24.19	31237	1272	1271	0.19	99.9
2.45-2.56	0.998	0.165	26.24	29219	1204	1202	0.169	99.8
2.56-2.69	0.998	0.125	32.78	30986	1167	1167	0.127	100
2.69-2.83	0.999	0.098	38.53	28823	1101	1101	0.1	100
2.83-3.01	0.999	0.072	48.3	26783	1048	1047	0.074	99.9
3.01-3.21	0.999	0.057	56.73	23800	1009	1009	0.059	100
3.21-3.47	1	0.044	70.96	22974	920	920	0.045	100
3.47-3.8	1	0.035	84.2	22265	872	871	0.036	99.9
3.8-4.25	1	0.032	92.03	19134	789	789	0.032	100
4.25-4.91	1	0.029	94.75	15165	711	710	0.03	99.9
4.91-6.01	1	0.03	95.62	14755	612	612	0.031	100
6.01-8.5	1	0.029	94.91	10750	493	493	0.03	100
8.5-91.92	1	0.023	95.48	5762	320	318	0.024	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1457	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.901→91.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8824 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1878	1075	5 %	RANDOM
R_work	0.1612	-	-	-
obs	0.1626	21514	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.25 Å² / B_iso mean: 35.0006 Å² / B_iso min: 16.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→91.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1390	0	82	59	1531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	2109
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	261
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.683	545

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.901-1.988	0.2324	131	0.178	2498	2629
1.988-2.0928	0.2068	131	0.1699	2484	2615
2.0928-2.2239	0.2016	132	0.1605	2501	2633
2.2239-2.3956	0.2039	132	0.1634	2522	2654
2.3956-2.6367	0.1841	132	0.1709	2509	2641
2.6367-3.0183	0.2094	135	0.167	2558	2693
3.0183-3.8028	0.1827	136	0.1541	2593	2729
3.8028-92.0275	0.1698	146	0.1573	2774	2920

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.1484 Å / Origin y: 39.2289 Å / Origin z: 63.8459 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1659 Å²	0.0142 Å²	0.0145 Å²	-	0.1921 Å²	0.0106 Å²	-	-	0.188 Å²
L	1.6317 °²	-0.1762 °²	-0.0188 °²	-	2.143 °²	0.4232 °²	-	-	1.6702 °²
S	-0.0002 Å °	-0.0362 Å °	0.1158 Å °	-0.0865 Å °	-0.0337 Å °	0.1545 Å °	-0.151 Å °	-0.2374 Å °	0.0357 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	12 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 359
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 206

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関連情報:EMDBヘッダ

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