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Yorodumi- PDB-3wis: Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wis | ||||||
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Title | Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB in complex with FMN: A Cubic Protein Cage for Redox Transfer | ||||||
Components | Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA) | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / methanopterin / dihydromethanopterin reductase / flavin / protein cage | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.901 Å | ||||||
Authors | Bobik, T.A. / Cascio, D. / Jorda, J. / McNamara, D.E. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Structure of dihydromethanopterin reductase, a cubic protein cage for redox transfer Authors: Mcnamara, D.E. / Cascio, D. / Jorda, J. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wis.cif.gz | 93 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wis.ent.gz | 71.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wis.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wis_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3wis_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3wis_validation.xml.gz | 10.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3wis_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wis | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 24|||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22103.275 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (bacteria) / Strain: LB400 / Gene: Bxeno_B0583, Bxe_B2440, DmrB / Plasmid: pET41a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q13QT8 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 57.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.0M (NH4)2SO4, 20mM Tris HCl pH 8, 100mM NaCl, 5% glycerol, 4mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9797 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→91.92 Å / Num. obs: 21516 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 24.9 % / Biso Wilson estimate: 28.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.901→91.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8824 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.25 Å2 / Biso mean: 35.0006 Å2 / Biso min: 16.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→91.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.1484 Å / Origin y: 39.2289 Å / Origin z: 63.8459 Å
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Refinement TLS group |
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