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万見
- PDB-3whp: Crystal structure of the C-terminal domain of Themus thermophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3whp
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Themus thermophilus LitR in complex with cobalamin
要素Probable transcriptional regulator
キーワードGENE REGULATION / B12-binding domain / Rossmann fold / Four helix bundle / Transcriptional Regulator / Cobalamin
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methionine synthase domain / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance ...Methionine synthase domain / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Agari, Y. / Takano, H. / Beppu, T. / Ueda, K. / Shinkai, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of Themus thermophilus LitR in complex with cobalamin
著者: Agari, Y. / Takano, H. / Beppu, T. / Ueda, K. / Shinkai, A.
履歴
登録2013年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8942
ポリマ－31,5631
非ポリマー1,3301
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.366, 95.366, 50.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulator / Transcriptional Regulator LitR


分子量: 31563.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: litR, TT_P0056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q746J7
#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE C19 (B12 A 800) IN THIS COORDINATES HAS PLANAR CONFIGURATION WITH UNKNOWN REASON.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M Phosphate-citrate, 5% PEG 1000, 35%-40% Ethanol, 0.18-0.36M Mg sulfate, 0.01-0.02M Na acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.00, 1.6042, 1.6083, 1.5600
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射モノクロメーター: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.60421
31.60831
41.561
反射解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 8257 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 51.4
反射 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 559 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→32.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2368756.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 875 10.6 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.226 8230 --
obs0.224 8230 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.1639 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.16 Å20 Å20 Å2
2--4.16 Å20 Å2
3----8.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→32.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 0 91 27 1564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 141 10.8 %
Rwork0.252 1168 -
obs-1309 99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6B12_param.txtB12_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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