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- PDB-3wgg: Crystal structure of RSP in complex with alpha-NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wgg
タイトルCrystal structure of RSP in complex with alpha-NAD+
要素Redox-sensing transcriptional repressor rex
キーワードTRANSCRIPTION / winged helix / Rossmann fold / transcription repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-Diphosphopyridine nucleotide / Redox-sensing transcriptional repressor Rex
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Binding mode of the oxidized alpha-anomer of NAD(+) to RSP, a Rex-family repressor
著者: Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Yang, Y. / Shao, W. / Guo, R.-T.
履歴
登録2013年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,85210
ポリマ－50,9492
非ポリマー1,9038
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.816, 74.137, 54.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

21A-475-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHETYRTYR5AA56 - 6456 - 64
21PHEPHETYRTYR5BB56 - 6456 - 64
12GLUGLULYSLYS5AA210 - 216210 - 216
22GLUGLULYSLYS5BB210 - 216210 - 216
13PROPROGLNGLN5AA155 - 160155 - 160
23PROPROGLNGLN5BB155 - 160155 - 160
14LEULEUVALVAL5AA26 - 3026 - 30
24LEULEUVALVAL5BB26 - 3026 - 30
15LYSLYSLYSLYS6AA4 - 2164 - 216
25LYSLYSLYSLYS6BB4 - 2164 - 216

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質 Redox-sensing transcriptional repressor rex / RSP repressor


分子量: 25474.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア)
株: JW200 / 遺伝子: rex, rsp / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5KM69
#2: 化合物 ChemComp-8NA / alpha-Diphosphopyridine nucleotide / alpha-NAD


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.4M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, plus 5mM alpha-NAD+, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 34128 / Num. obs: 33930 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceControl Softwareデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3WG9

3wg9


解像度: 2.1→24.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.167 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23124 1596 5 %RANDOM
Rwork0.17934 ---
obs0.18198 32146 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.519 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---1.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3430 0 118 418 3966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8182.0114878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9545424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59724.353170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.21815656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3951526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41.52108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44723410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.63331496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6134.51468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
136medium positional0.380.5
228medium positional0.420.5
324medium positional0.130.5
420medium positional0.090.5
132loose positional0.885
235loose positional1.255
322loose positional0.915
420loose positional0.495
51715loose positional0.655
136medium thermal1.982
228medium thermal3.232
324medium thermal4.832
420medium thermal1.482
132loose thermal1.8710
235loose thermal2.5210
322loose thermal3.8910
420loose thermal1.4710
51715loose thermal5.710
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 222 -
Rwork0.218 3920 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0996-0.07250.14330.57590.07980.4733-0.01370.0635-0.09140.10440.03090.132-0.00610.1052-0.01710.02070.00490.01640.0601-0.05080.134219.96813.73579.754
20.527-0.2135-0.01290.7893-0.19740.0642-0.0435-0.0328-0.05010.07690.0590.0642-0.0352-0.0066-0.01540.09870.01510.00010.0573-0.00180.047323.475723.602221.0583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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