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- PDB-3wee: Structure of the full-length yeast Arp7-Arp9 Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wee
タイトルStructure of the full-length yeast Arp7-Arp9 Heterodimer
要素
  • Actin-like protein ARP9
  • Actin-related protein 7
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Actin / chromatin / remodeling / RSC complex / SWI-SNF complex / nucleus / ARP / Actin-related protein / Actin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Platelet degranulation / RSC-type complex / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization ...RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Platelet degranulation / RSC-type complex / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Actin; Chain A, domain 4 - #60 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex ...Actin; Chain A, domain 4 - #60 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lobsiger, J. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the full-length yeast Arp7-Arp9 heterodimer.
著者: Lobsiger, J. / Hunziker, Y. / Richmond, T.J.
履歴
登録2013年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-like protein ARP9
B: Actin-related protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0067
ポリマ－110,4012
非ポリマー6065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area42500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.774, 103.774, 184.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP9 / SWI/SNF complex component ARP9


分子量: 54829.801 Da / 分子数: 1 / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP9, SWP59, YM9973.07, YMR033W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q05123
#2: タンパク質 Actin-related protein 7 / Actin-like protein ARP7 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP7 / SWI/SNF complex component ARP7


分子量: 55570.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP7, SWP61, YP9367.14, YPR034W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q12406
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 2M sodium/potassium phosphate, 100mM CAPS/NaOH, pH 10.5, 200mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00608 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月2日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29.732 Å / Num. all: 21509 / Num. obs: 21509 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 63.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3098 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix: 1.8.2_1309)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.73 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 2004 9.33 %Random
Rwork0.1993 ---
all0.2012 21472 --
obs0.2012 21472 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 34 0 6755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1129331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1932585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.1001-3.21070.34241960.292919271927
3.2107-3.33910.24541980.258819141914
3.3391-3.49090.26311940.225118921892
3.4909-3.67460.23661990.214419321932
3.6746-3.90440.24992010.210119241924
3.9044-4.20510.20971960.19219241924
4.2051-4.62680.18121990.17419461946
4.6268-5.29310.20052050.172619491949
5.2931-6.65640.24462000.194619821982
6.6564-29.73360.1822160.17920782078
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49910.6024-0.29391.0324-0.31741.3679-0.206-0.54150.57210.58770.22120.0191-0.76430.3089-0.00140.71580.063-0.00020.7601-0.16260.7047-14.6196109.914834.8225
22.35811.1181-0.97081.9403-0.83232.4554-0.0722-0.43860.03450.1820.0209-0.3872-0.05670.3883-0.00340.40980.04510.03320.5599-0.07440.471-11.5024102.50825.7001
30.3980.1187-0.2880.3551-0.1670.25310.2410.58860.8497-0.16020.12430.048-0.19740.448501.0436-0.25170.26210.9452-0.13111.17290.7391122.81861.42
40.7131-0.7283-0.56421.28160.47251.5468-0.05330.32310.1806-0.09160.1827-0.2058-0.11120.0686-00.4353-0.01630.09210.50850.03780.447-17.258107.38134.1999
5-0.0007-0.00960.01380.1514-0.03080.6420.1048-0.22470.2176-0.23680.1875-1.1491-1.32850.93220.00870.9865-0.0670.14570.93070.08620.7469-31.9522115.5011-23.181
60.8704-0.5795-0.50540.7640.07040.4764-0.0605-0.23530.42960.6006-0.22920.333-0.4384-0.5802-00.7474-0.04210.06110.68910.02290.7383-29.2979109.68256.5245
70.6698-0.6140.23470.5706-0.15530.3242-0.1139-0.7118-0.08320.41830.02920.2429-0.1124-0.070600.7190.06840.03620.75840.04380.4703-28.81799.855335.7939
80.60680.14080.71221.32880.33231.144-0.16890.0393-0.18250.17220.0601-0.12950.05950.1465-00.52720.04190.15410.46910.02730.6392-19.653880.452315.7767
92.4999-0.1003-0.36921.5189-0.2131.953-0.18150.2123-0.4679-0.06630.0251-0.08950.34030.0177-0.00050.5916-0.0090.20970.37-0.09810.5868-24.957875.11187.6216
101.85030.1920.18650.531-0.2111.9477-0.10190.4466-0.3069-0.3485-0.04470.26660.4523-0.251800.6423-0.10410.1160.6928-0.23690.7382-45.853378.4451-6.7572
110.74370.2024-0.50360.3099-0.26220.5013-0.1660.0221-0.48580.07240.03060.04160.1889-0.0864-0.00020.638-0.08920.19540.5258-0.02350.7406-42.669969.830716.4209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 6:45 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 46:224 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 225:289 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 290:362 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 363:394 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 395:423 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 424:467 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 4:44 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 45:242 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 243:390 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 391:468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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