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- PDB-3wdo: Structure of E. coli YajR transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wdo
タイトルStructure of E. coli YajR transporter
要素MFS Transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Motif A / Membrane potential / protonation
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle ...MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major facilitator superfamily MFS_1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Jiang, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the YajR transporter suggests a transport mechanism based on the conserved motif A
著者: Jiang, D. / Zhao, Y. / Wang, X. / Fan, J. / Heng, J. / Liu, X. / Feng, W. / Kang, X. / Huang, B. / Liu, J. / Zhang, X.C.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32015年9月9日Group: Structure summary
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MFS Transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6781
ポリマ－48,6781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.725, 128.725, 165.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 MFS Transporter


分子量: 48678.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A140NCX4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 30% PEG300, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11.0063,1.0089,0.9791
シンクロトロンSSRF BL17U20.92
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年4月13日
ADSC QUANTUM 3152CCD2012年10月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00631
21.00891
30.97911
40.921
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 14541 / Num. obs: 14541 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.15→50 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.15→39.168 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7015 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 707 4.89 %RANDOM
Rwork0.2714 ---
obs0.2723 14472 99.38 %-
all-14541 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 296.71 Å2 / Biso mean: 65.7669 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→39.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 0 0 0 3419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.84737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6841226
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.15-3.39220.38721430.335926892832100
3.3922-3.73340.34611330.315527072840100
3.7334-4.2730.3151420.280927292871100
4.273-5.38130.29091460.262227552901100
5.3813-39.17060.24961430.25362885302898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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