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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wcz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bombyx mori aldo-keto reductase (AKR2E4) in complex with NADP | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase 2E | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM-BARREL / REDUCTASE / NADP / CYTOSOL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / steroid metabolic process / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bombyx mori (カイコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yamamoto, K. / Wilson, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013 タイトル: Identification, characterization, and crystal structure of an aldo-keto reductase (AKR2E4) from the silkworm Bombyx mori. 著者: Yamamoto, K. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wcz.cif.gz | 133.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wcz.ent.gz | 104.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wcz_validation.pdf.gz | 728.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wcz_full_validation.pdf.gz | 730.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wcz_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wcz_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wcz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2hdjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34385.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: akr2e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9JTG9 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CIT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M SODIUM CITRATE, 0.1M CACODYLATE (PH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→34.503 Å / Num. obs: 69041 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.3 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HDJ 解像度: 1.3→34.5 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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