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- PDB-3wcg: The complex structure of TcSQS with ligand, BPH1344 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wcg
タイトルThe complex structure of TcSQS with ligand, BPH1344
要素Farnesyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / isoprenoids / drug discovery / Trypanosoma cruzi squalene synthase / BPH-1344
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene synthase / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase [NAD(P)H] activity / lipid biosynthetic process / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BH3 / Squalene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Huang, C.H. / Ren, F. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Squalene synthase as a target for Chagas disease therapeutics.
著者: Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Li, J. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Galizzi, M. / Li, Z.H. / Rodrigues-Poveda, C.A. / Gonzalez-Pacanowska, D. / ...著者: Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Li, J. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Galizzi, M. / Li, Z.H. / Rodrigues-Poveda, C.A. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Veiga-Santos, P. / de Carvalho, T.M. / de Souza, W. / Urbina, J.A. / Wang, A.H. / Docampo, R. / Li, K. / Liu, Y.L. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyltransferase, putative
B: Farnesyltransferase, putative
C: Farnesyltransferase, putative
D: Farnesyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,3138
ポリマ－167,4474
非ポリマー1,8664
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Farnesyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3282
ポリマ－41,8621
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Farnesyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3282
ポリマ－41,8621
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Farnesyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3282
ポリマ－41,8621
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Farnesyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3282
ポリマ－41,8621
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.088, 128.974, 144.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Farnesyltransferase, putative


分子量: 41861.809 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 25-368 / 変異: D82E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
属: Tc00.1047053508369.20 / 株: CL Brener / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: Q4CWB4, squalene synthase
#2: 化合物
ChemComp-BH3 / hydrogen [(1R)-2-(3-pentadecyl-1H-imidazol-3-ium-1-yl)-1-phosphonoethyl]phosphonate


分子量: 466.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40N2O6P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 21% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 39223 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3518 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EZF

1ezf


解像度: 2.8→25 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.271 1874 RANDOM
Rwork0.221 --
all-39089 -
obs-37650 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11005 0 120 169 11294
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.418 / Rfactor Rwork: 0.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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