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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbj
タイトルCrystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B structure II
要素Eukaryotic translation initiation factor 5B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / flexible / eukaryotic translation initiation / eIF1A
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Zheng, A. / Yamamoto, R. / Ose, T. / Yu, J. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of eIF5B and the eIF5B-eIF1A complex: the conformational flexibility of eIF5B is restricted on the ribosome by interaction with eIF1A
著者: Zheng, A. / Yu, J. / Yamamoto, R. / Ose, T. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2561
ポリマ－51,2561
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.690, 120.690, 168.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5B / eIF-5B / Translation initiation factor IF-2


分子量: 51255.902 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 401-855 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FUN12, YAL035W / プラスミド: pDBHT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P39730
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 40% PEG 400, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→44.393 Å / Num. obs: 47589 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.33 % / Biso Wilson estimate: 42.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 35.07
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.49-2.650.527.26198
2.65-2.830.3710.241100
2.83-3.050.21716.951100
3.05-3.340.13226.571100
3.34-3.730.07842.281100
3.73-4.310.05460.111100
4.31-5.260.04275.061100
5.26-7.390.04173.471100
7.390.02994.16199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WBI

3wbi


解像度: 2.495→44.393 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.26 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1851 7.18 %
Rwork0.2146 --
obs0.2175 25766 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.0001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→44.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 0 112 3589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9384758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4721336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004607
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4954-2.56290.30771320.23851755X-RAY DIFFRACTION97
2.5629-2.63830.27661420.23971790X-RAY DIFFRACTION100
2.6383-2.72340.29531580.24171782X-RAY DIFFRACTION100
2.7234-2.82070.25521330.23241819X-RAY DIFFRACTION100
2.8207-2.93360.2721220.22781833X-RAY DIFFRACTION100
2.9336-3.06710.3021550.24011796X-RAY DIFFRACTION100
3.0671-3.22880.29161280.23151835X-RAY DIFFRACTION100
3.2288-3.4310.24071460.22171831X-RAY DIFFRACTION100
3.431-3.69580.22631520.21291820X-RAY DIFFRACTION100
3.6958-4.06750.27761510.20381858X-RAY DIFFRACTION100
4.0675-4.65550.19381360.17891867X-RAY DIFFRACTION100
4.6555-5.86330.24561350.20241908X-RAY DIFFRACTION100
5.8633-44.39960.26681610.22132021X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07160.3955-0.15221.56920.27121.99150.0002-0.14060.03280.18570.07080.0858-0.3245-0.3063-0.04750.31920.06840.01290.24310.01740.248950.5119-19.16933.6174
20.9694-0.2055-0.15561.9563-0.27471.035-0.0288-0.08320.13360.0790.0259-0.2369-0.14380.04440.02470.28240.0296-0.02740.1563-0.01470.250461.8731-17.009-2.1971
31.84130.19990.46652.59930.25412.7292-0.065-0.1698-0.04560.38030.1130.1538-0.26-0.4468-0.05240.43350.11410.08080.32390.02750.282750.4278-22.073628.3731
41.47650.3909-0.00543.1388-0.13812.45910.2492-0.35880.22841.0546-0.1262-0.3033-0.6460.0035-0.0750.9021-0.028-0.09470.2981-0.02460.411169.6832-4.160729.4324
55.18262.41021.34531.8850.41031.1756-0.21150.2928-0.0152-0.03860.0713-0.2827-0.52910.91870.11950.6963-0.1861-0.13520.4546-0.01180.548581.38362.493322.5339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:95)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 96:239)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 240:354)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 355:435)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 436:455)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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