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万見
- PDB-3wbg: Structure of the human heart fatty acid-binding protein in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbg
タイトルStructure of the human heart fatty acid-binding protein in complex with 1-anilinonaphtalene-8-sulphonic acid
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hirose, M. / Sugiyama, S. / Ishida, H. / Niiyama, M. / Matsuoka, D. / Hara, T. / Sato, F. / Mizohata, E. / Murakami, S. / Inoue, T. ...Hirose, M. / Sugiyama, S. / Ishida, H. / Niiyama, M. / Matsuoka, D. / Hara, T. / Sato, F. / Mizohata, E. / Murakami, S. / Inoue, T. / Matsuoka, S. / Murata, M.
引用ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 2013
タイトル: Structure of the human-heart fatty-acid-binding protein 3 in complex with the fluorescent probe 1-anilinonaphthalene-8-sulphonic acid
著者: Hirose, M. / Sugiyama, S. / Ishida, H. / Niiyama, M. / Matsuoka, D. / Hara, T. / Mizohata, E. / Murakami, S. / Inoue, T. / Matsuoka, S. / Murata, M.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
B: Fatty acid-binding protein, heart
C: Fatty acid-binding protein, heart
D: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3998
ポリマ－68,2024
非ポリマー1,1974
水3,135174
1
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3502
ポリマ－17,0501
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3502
ポリマ－17,0501
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3502
ポリマ－17,0501
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3502
ポリマ－17,0501
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.157, 29.359, 140.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 17050.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物
ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 299.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM MES, 30% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL38B120.9
検出器
タイプID検出器
RAYONIX MX-2251CCD
RAYONIX MX-2252CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 24494 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 7.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.47 Å29.85 Å
Translation2.47 Å29.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.114 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2912 1220 5 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2214 24208 89.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.43 Å2 / Biso mean: 29.0587 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 84 174 4410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.9855841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5365528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.71225.059170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.5615819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0391516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.52620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67724266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55531703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8554.51575
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 76 -
Rwork0.272 1679 -
all-1755 -
obs--90 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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