PDB-3wb0: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with light-dec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wb0

タイトル

HcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with light-decomposed FeGP cofactor of [Fe]-hydrogenase

要素

Uncharacterized protein MJ0488

キーワード

TRANSFERASE / GTP-binding domain / Guanylyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix hairpin bin / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Identification of the HcgB enzyme in [Fe]-hydrogenase-cofactor biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Tamura, H. / Schick, M. / Kahnt, J. / Xie, X. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2013年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wb0.cif.gz	260.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wb0.ent.gz	212 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/3wb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/3wb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wb1C 3wb2C 3brcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d5q-d 3wb2-d 1nih-d 1hda-d 1fae-d 1yhe-d 3wb1-d 2w6v-d 1hbb-d 4el8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MJ0488

B: Uncharacterized protein MJ0488

C: Uncharacterized protein MJ0488

D: Uncharacterized protein MJ0488

ヘテロ分子

77.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.960, 119.340, 55.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	2 - 157	2 - 157
2	1	SER	SER	B	B	2 - 157	2 - 157
1	2	LEU	LEU	A	A	2 - 159	2 - 159
2	2	LEU	LEU	C	C	2 - 159	2 - 159
1	3	LEU	LEU	A	A	2 - 159	2 - 159
2	3	LEU	LEU	D	D	2 - 159	2 - 159
1	4	SER	SER	B	B	2 - 157	2 - 157
2	4	SER	SER	C	C	2 - 157	2 - 157
1	5	SER	SER	B	B	2 - 157	2 - 157
2	5	SER	SER	D	D	2 - 157	2 - 157
1	6	LEU	LEU	C	C	2 - 159	2 - 159
2	6	LEU	LEU	D	D	2 - 159	2 - 159

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MJ0488 分子量: 18871.297 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 3-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NcoI-XhoI 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: HcgB, MJ0488 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star 参照: UniProt: Q57912, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-FEG / 5'-O-[(S)-{[2-(carboxymethyl)-6-hydroxy-3,5-dimethylpyridin-4-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]guanosine / 4-(5′-グアニリルオキシ)-6-ヒドロキシ-3,5-ジメチルピリジン-2-酢酸分子量: 542.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₆O₁₁P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20 %(w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日

放射

モノクロメーター: A double crystal Si(111) monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 46660 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 30.577 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2		0.662	0.323	2.88	13981	6960	6105	0.412	87.7
2-2.2		0.26	0.185	5.67	28908	10473	10211	0.225	97.5
2.2-2.4		0.18	0.143	7.64	19862	7247	6316	0.17	87.2
2.4-2.9		0.067	0.099	14.08	44635	10558	10441	0.112	98.9
2.9-3.5		0.048	0.078	17.38	24960	5958	5869	0.088	98.5
3.5-4.3		0.043	0.076	18.94	14998	3637	3536	0.087	97.2
4.3-5.9		0.042	0.073	19.6	10884	2637	2552	0.084	96.8
5.9-8		0.045	0.077	18.37	4103	999	970	0.088	97.1
8-12		0.03	0.057	21.03	1990	485	466	0.065	96.1
	12	0.031	0.067	21.29	867	216	194	0.075	89.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BRC

3brc

解像度: 1.91→47.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / WR_factor R_free: 0.2889 / WR_factor R_work: 0.2347 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.55 / FOM work R set: 0.7972 / SU B: 8.608 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.225 / SU R_free: 0.1928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2752	2329	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2266	-	-	-
obs	0.2291	45988	94.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.75 Å² / B_iso mean: 29.9177 Å² / B_iso min: 11.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4956	0	148	376	5480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.031	2.042	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.166	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.394	24.375	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.138	15	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.058	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.87	2.066	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.652	3.082	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.177	2.576	2624

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	205	0.07
1	2	B	205	0.07
2	1	A	202	0.08
2	2	C	202	0.08
3	1	A	197	0.09
3	2	D	197	0.09
4	1	B	200	0.06
4	2	C	200	0.06
5	1	B	199	0.09
5	2	D	199	0.09
6	1	C	195	0.09
6	2	D	195	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.905→1.955 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.533	118	-
R_work	0.503	2342	-
all	-	2460	-
obs	-	-	68.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5204	-0.1139	0.0969	0.8015	0.2824	0.1433	0.0391	0.0168	-0.0144	-0.1122	-0.0393	-0.0233	-0.0241	-0.0025	0.0003	0.0512	0.0179	0.0156	0.0681	0.0098	0.024	16.3996	-12.5504	13.8244
2	0.6479	-0.2454	0.0193	0.8047	-0.0549	0.0044	-0.0035	0.0003	-0.0407	0.0984	0.0053	0.099	-0.0064	0.0038	-0.0018	0.0368	-0.0025	0.0044	0.0588	0.0159	0.0333	2.6309	-13.9791	28.9427
3	0.0469	0.0569	0.0209	0.8041	-0.0755	0.1589	0.0261	0.0139	0.035	0.1791	-0.0094	-0.0222	-0.026	0.0142	-0.0166	0.0469	0.0015	0.0117	0.0528	-0.0148	0.0585	8.7362	12.0297	34.3669
4	0.6252	0.0527	-0.0657	0.7324	0.0509	0.3391	0.1058	0.0407	0.0963	-0.1563	-0.0356	0.0891	-0.0566	-0.002	-0.0703	0.059	0.0186	0.0076	0.04	0.0326	0.0658	10.2744	14.1733	13.9859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	73 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	139 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 36
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	61 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	2	B	73 - 93
13	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 138
14	X-RAY DIFFRACTION	2	B	139 - 158
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 16
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 24
17	X-RAY DIFFRACTION	3	C	25 - 36
18	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 72
19	X-RAY DIFFRACTION	3	C	73 - 93
20	X-RAY DIFFRACTION	3	C	94 - 138
21	X-RAY DIFFRACTION	3	C	139 - 159
22	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 16
23	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 36
24	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	4	D	61 - 72
26	X-RAY DIFFRACTION	4	D	73 - 93
27	X-RAY DIFFRACTION	4	D	94 - 138
28	X-RAY DIFFRACTION	4	D	139 - 159

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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