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- PDB-3waj: Crystal structure of the Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3waj
タイトルCrystal structure of the Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (O29867_ARCFU) complex with Zn and sulfate
要素Transmembrane oligosaccharyl transferase
キーワードTRANSFERASE / oligosaccharyltransferase / N-glycosylation / Archaeoglobus fulgidus / GT-C / protein b-oligosaccharyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein glycosylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1650 / Immunoglobulin-like - #3390 / Oligosaccharyl transferase, archaeal / Archaeal glycosylation protein B, peripheral domain / Archaeal glycosylation protein B long peripheral domain / Rossmann fold - #12610 / : / AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1650 / Immunoglobulin-like - #3390 / Oligosaccharyl transferase, archaeal / Archaeal glycosylation protein B, peripheral domain / Archaeal glycosylation protein B long peripheral domain / Rossmann fold - #12610 / : / AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Matsumoto, S. / Shimada, A. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of an archaeal oligosaccharyltransferase provide insights into the catalytic cycle of N-linked protein glycosylation
著者: Matsumoto, S. / Shimada, A. / Nyirenda, J. / Igura, M. / Kawano, Y. / Kohda, D.
履歴
登録2013年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane oligosaccharyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2753
ポリマ－99,1141
非ポリマー1612
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.195, 108.961, 56.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane oligosaccharyl transferase / AfAglB-L


分子量: 99113.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: aglB-L / プラスミド: pET52b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: O29867, EC: 2.4.1.119
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M zinc sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, 15% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.813 Å / Num. all: 47863 / Num. obs: 47863 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2369 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WAI

3wai


解像度: 2.501→38.813 Å / Occupancy max: 2.25 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8573 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 2382 5.08 %random
Rwork0.1825 ---
all0.1842 47863 --
obs0.1842 46879 96.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.37 Å2 / Biso mean: 56.31 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→38.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6368 0 6 151 6525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.158976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8622266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5012-2.55220.28471410.23652398253988
2.5522-2.60770.26871430.22882485262893
2.6077-2.66830.28451250.22042571269694
2.6683-2.7350.2481440.21082505264995
2.735-2.8090.2281290.19232648277796
2.809-2.89160.23791340.19432531266596
2.8916-2.98490.23331400.18852627276797
2.9849-3.09150.20571320.18332636276897
3.0915-3.21530.23091440.1852627277198
3.2153-3.36150.241390.18182651279099
3.3615-3.53860.21381550.18282676283199
3.5386-3.76020.22321490.17172668281799
3.7602-4.05020.23721260.16692696282299
4.0502-4.45730.17211340.15532686282099
4.4573-5.1010.18611600.15832710287099
5.101-6.4220.22281450.192527022847100
6.422-38.81740.20181420.20142680282297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26570.11280.19230.5664-0.0580.92920.4241-0.1899-0.17830.2106-0.1189-0.11370.2223-0.05680.47890.3263-0.0557-0.19340.2080.07010.223-37.7202-19.264230.0941
20.8365-0.18310.15330.1670.13370.51970.4459-0.2526-0.08540.3257-0.1535-0.07010.3508-0.31130.06190.4293-0.27440.00270.37890.05170.2682-59.4752-26.5925.2001
30.1587-0.08130.14620.1527-0.06360.13940.2440.31140.0412-0.06150.11290.16760.05330.05160.03410.4706-0.13090.08230.48790.01290.4006-73.1127-35.530713.0211
40.3046-0.2189-0.33120.15730.23970.36230.2370.3396-0.7168-0.23050.073-0.57690.19360.12560.29430.52990.0515-0.21060.2485-0.16990.9135-37.5556-39.178516.8029
51.48330.88930.63420.64560.4781.29390.13520.1040.01990.0557-0.06230.0082-0.05940.0320.010.21010.03960.05530.1881-0.01790.1986-33.63343.930716.9666
60.5181-0.0389-0.28250.0876-0.00320.38760.10470.09090.11050.00480.0374-0.0512-0.03510.1581-00.2321-0.0090.01450.3728-0.00170.3168-12.1303-1.42962.6801
70.33310.0972-0.21390.27680.01870.14890.1985-0.12080.42970.06090.0005-0.1781-0.35560.25330.0920.476-0.10630.15830.2706-0.01750.5374-16.300522.693611.284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 15:182)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 183:295)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 296:333)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 374:494)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 495:634)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 635:760)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 761:868)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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