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- PDB-3w9z: Crystal structure of DusC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9z
タイトルCrystal structure of DusC
要素tRNA-dihydrouridine synthase C
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tim Barrel / reductase / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine16 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I ...Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / tRNA-dihydrouridine(16) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, M. / Yu, J. / Tanaka, Y. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of dihydrouridine synthase C (DusC) from Escherichia coli
著者: Chen, M. / Yu, J. / Tanaka, Y. / Tanaka, M. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-dihydrouridine synthase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6552
ポリマ－36,1981
非ポリマー4561
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.252, 93.252, 115.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine synthase C


分子量: 36198.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2140, dusC, JW2128, yohI / プラスミド: pET-26(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P33371
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.4764.54
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法7.90.1M Tris pH7.9, 0.2M Na Acetate, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
2932蒸気拡散法80.1M Imidazole pH8.0, 15% Isopropanol, 20% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.97914
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2011年10月15日
RAYONIX MX225HE2CCD2011年11月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979141
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.3 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 71.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1489 / Rsym value: 0.707 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.097 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.7735 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1481 5.08 %RANDOM
Rwork0.2205 ---
obs0.2213 29181 95.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.6 Å2 / Biso mean: 58.0665 Å2 / Biso min: 30.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 31 109 2444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1683235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.737885
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0994-2.16720.33121310.3032551268298
2.1672-2.24470.37481370.31412489262697
2.2447-2.33450.36151400.29842416255694
2.3345-2.44080.33111350.29632363249892
2.4408-2.56950.33191160.27122383249992
2.5695-2.73040.2931280.26682427255593
2.7304-2.94120.28521250.25352444256994
2.9412-3.23720.28731380.24182516265496
3.2372-3.70550.20971560.21672597275399
3.7055-4.66790.19481230.180326932816100
4.6679-49.11060.20031520.200428212973100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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