+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w9t | |||||||||||||||
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Title | pore-forming CEL-III | |||||||||||||||
Components | Hemolytic lectin CEL-III | |||||||||||||||
Keywords | TOXIN / Hemolytic lectin / Pore forming toxin | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / lactose binding / fucose binding / galactose binding / hemolysis in another organism ...positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / lactose binding / fucose binding / galactose binding / hemolysis in another organism / protein O-linked glycosylation / protein homooligomerization / : / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / extracellular space Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Cucumaria echinata (invertebrata) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIR / Resolution: 2.9 Å | |||||||||||||||
Authors | Unno, H. / Goda, S. / Hatakeyama, T. | |||||||||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Hemolytic lectin CEL-III heptamer reveals its transmembrane pore-formation mechanism Authors: Unno, H. / Goda, S. / Hatakeyama, T. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w9t.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w9t.ent.gz | 1019.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w9t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3w9t_validation.pdf.gz | 11.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3w9t_full_validation.pdf.gz | 11.5 MB | Display | |
Data in XML | 3w9t_validation.xml.gz | 104.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3w9t_validation.cif.gz | 142.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9t | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 47452.164 Da / Num. of mol.: 7 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Cucumaria echinata (invertebrata) / References: UniProt: Q868M7*PLUS #2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-fructofuranose / lactulose #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.01 Å3/Da / Density % sol: 69.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.2 Details: 30% PEG400, 0.1M CdCl2, 0.1M sodium acetate, 10mM CaCl2, 0.1M lactulose, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si (111) double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→53.5 Å / Num. obs: 113863 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIR / Resolution: 2.9→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 37.412 / SU ML: 0.311 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.039 / ESU R Free: 0.383 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.149 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→48.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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