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万見
- PDB-3w9i: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9i
タイトルStructural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters
要素Multidrug resistance protein MexB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MexB / Efflux pump / Transporter / Multidrug efflux pump / MexA / OprM / Inner Membrane / Transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance protein MexB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Sakurai, K. / Nakashima, R. / Hayashi, K. / Yamaguchi, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters
著者: Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Hayashi, K. / Nagata, C. / Hoshino, K. / Onodera, Y. / Nishino, K. / Yamaguchi, A.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)685,43322
ポリマ－677,2636
非ポリマー8,17016
水1267
1
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,71611
ポリマ－338,6313
非ポリマー4,0858
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26790 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area107160 Å2
手法PISA
2
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,71611
ポリマ－338,6313
非ポリマー4,0858
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26140 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area108530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.815, 133.981, 150.467
Angle α, β, γ (deg.)87.14, 69.49, 88.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 1030 / Label seq-ID: 1 - 1030

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DD
12BB
22EE
13CC
23FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.612914, 0.665371, 0.426167), (0.665791, 0.144445, 0.732023), (0.425509, 0.732405, -0.53153)-9.6414, 7.20559, 11.39539

-
要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein MexB / Multidrug-efflux transporter MexB


分子量: 112877.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: mexB, PA0426 / プラスミド: pUCP20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MG1655 / 参照: UniProt: P52002
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50mM Na Acetate-HCl pH5.0, 300mM NaCl, 25% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 241501 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.753.70.552196.9
2.75-2.83.70.445197.4
2.8-2.853.70.382197.7
2.85-2.913.80.329197.3
2.91-2.973.80.274197.8
2.97-3.043.80.224198.2
3.04-3.123.80.181198.2
3.12-3.23.80.15198.7
3.2-3.33.80.123198.8
3.3-3.43.90.094199
3.4-3.523.90.075199.1
3.52-3.663.90.064199.1
3.66-3.833.90.051199.2
3.83-4.033.80.044199.2
4.03-4.293.80.038199.2
4.29-4.623.80.034199.1
4.62-5.083.80.032198.9
5.08-5.823.90.032199.6
5.82-7.333.90.028199.6
7.33-1003.70.024177.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.35 Å48.33 Å
Translation3.35 Å48.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V50

2v50


解像度: 2.71→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.3 / SU ML: 0.318 / SU R Cruickshank DPI: 0.8203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.862 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31529 12079 5 %RANDOM
Rwork0.28176 ---
obs0.28346 228777 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20.02 Å20.02 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46738 0 560 7 47305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01948342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0247367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.98165669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1993108907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.87356151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.62424.3981860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.059157908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.66315228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3450.27749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02154173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0210603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A15395MEDIUM POSITIONAL0.540.5
1A15395MEDIUM THERMAL12.862
2B15608MEDIUM POSITIONAL0.50.5
2B15608MEDIUM THERMAL11.772
3C15607MEDIUM POSITIONAL0.530.5
3C15607MEDIUM THERMAL8.672
LS精密化 シェル解像度: 2.708→2.778 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 900 -
Rwork0.392 16271 -
obs--93.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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