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- PDB-3w9g: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9g
タイトルCrystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4
要素Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ankyrin repeat domain / ARD
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / actin filament organization / adherens junction / calcium channel activity / cilium / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis ...osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / actin filament organization / adherens junction / calcium channel activity / cilium / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Itoh, Y. / Hamada-nakahara, S. / Suetsugu, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P2
著者: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. ...著者: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. / Kitao, A. / Mori, Y. / Suetsugu, S.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,9164
ポリマ－117,9164
非ポリマー00
水10,953608
1
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4791
ポリマ－29,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4791
ポリマ－29,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4791
ポリマ－29,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4791
ポリマ－29,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9582
ポリマ－58,9582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
6
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9582
ポリマ－58,9582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.952, 48.267, 134.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量: 29478.891 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 133-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 110-120mM sodium MES-HCl buffer pH 6.5, 1-2% PEG4000, 11-12% MPD, 55-60mM KH2PO4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 89777 / Num. obs: 89687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8903 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JXI

3jxi


解像度: 2→37.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8516 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2115 1819 2.03 %Random
Rwork0.1791 ---
obs0.1798 89579 99.76 %-
all-89795 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 254.32 Å2 / Biso mean: 48.4734 Å2 / Biso min: 9.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8069 0 0 608 8677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11911218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4013149
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0530.26621350.24596573670899
2.053-2.11350.27581500.220667036853100
2.1135-2.18170.20281410.206467096850100
2.1817-2.25960.26741320.196267196851100
2.2596-2.35010.23521210.188367076828100
2.3501-2.4570.22861380.17767446882100
2.457-2.58650.20261300.176167256855100
2.5865-2.74850.21391350.17867626897100
2.7485-2.96070.22121410.175467716912100
2.9607-3.25850.22181410.179567406881100
3.2585-3.72960.18661300.169268326962100
3.7296-4.69750.16981680.148467936961100
4.6975-37.57560.23031570.18936982713999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.04330.3036-4.44551.4-1.79255.48760.00770.33870.0205-0.04140.01220.17890.212-0.36650.02050.138-0.0241-0.05010.1363-0.03150.2823-24.13028.7836-10.1441
21.4643-0.8011-0.27162.17552.03712.41420.17140.14440.2174-0.2738-0.09690.021-0.3651-0.11150.00110.18090.0095-0.00290.13870.02820.2636-18.649318.9974-7.5774
32.5485-0.4348-1.69041.30261.64533.87990.0194-0.0813-0.1430.1669-0.08490.00870.3547-0.11350.09280.1931-0.0141-0.00790.11490.00960.2352-17.35996.93210.0518
40.9848-0.47690.16163.70573.25263.62170.0703-0.11290.3468-0.11210.021-0.2198-0.2397-0.1184-0.13070.1677-0.00560.01250.11730.01790.2867-12.15822.1176-0.8102
53.45121.29710.58832.11780.32093.70950.1708-0.3671-0.10710.2045-0.11180.12770.2842-0.1237-0.02510.1375-0.0328-0.01540.15540.03670.2444-9.251313.41826.9211
63.94881.03321.09250.2047-0.12754.6674-0.0329-0.62141.04190.289-0.24550.5787-0.7343-0.52370.15550.2794-0.01980.01230.2741-0.11520.54-10.432529.823912.9377
72.12731.1651.01872.70221.30522.0860.2491-0.3338-0.36720.2635-0.1076-0.06270.2745-0.1474-0.09790.1775-0.0407-0.02070.20220.04860.2643-0.557419.565314.6111
85.4855-0.3732-0.79593.49521.78263.21790.7132-1.3145-0.63420.4427-0.38240.10171.1741-0.20670.0430.3944-0.236-0.02370.51440.13420.2479-0.860917.259525.6808
92.12181.64660.82193.17411.05823.59660.0655-0.5096-0.02970.2893-0.0751-0.2630.083-0.066-0.09380.182-0.040.0220.2663-0.00950.22895.58429.792221.3384
107.3907-2.73195.07456.6411-2.58585.84410.3895-0.1936-0.2513-0.0235-0.0745-0.14440.9997-0.5978-0.24670.5562-0.1628-0.01710.41610.00570.2146.668823.043433.195
115.0542-0.1414-3.97752.5851.95144.87690.0172-0.4985-0.28190.1624-0.0235-0.36340.23810.34510.02790.1333-0.0006-0.0480.16850.05120.2933-28.1279-15.079.3253
123.3850.9776-1.18972.195-1.28552.7830.0712-0.1045-0.06260.0665-0.1151-0.0777-0.04210.02530.06420.1124-0.0024-0.01470.10860.00460.2122-34.3264-10.25263.0624
131.2680.34060.80914.8214-3.7183.890.040.03550.17180.2806-0.01630.1286-0.2992-0.0344-0.05110.1479-0.00410.00640.1036-0.04120.2168-40.1534-1.83350.0234
144.1324-1.13810.67291.7078-0.89814.04540.08020.38760.4021-0.1396-0.212-0.2961-0.18460.07620.11020.13450.01410.02930.1371-0.00880.2416-42.9372-2.2891-10.4851
153.1798-1.22690.67144.3772-0.86842.34970.18720.2391-0.5754-0.1902-0.01690.23480.3526-0.0899-0.16130.1669-0.0005-0.03480.1632-0.05420.2456-53.7403-6.4524-12.0368
163.0357-0.87070.39273.6395-0.56913.04470.19970.7243-0.2429-0.6048-0.1440.0470.31560.0975-0.06550.27610.0689-0.0110.3478-0.04730.1616-54.38711.258-23.5526
176.4793-1.11742.09172.0992-0.46136.6050.46690.2745-0.3855-0.64970.24280.91610.6403-0.4459-0.64690.59210.1059-0.1380.60510.05750.4302-60.57471.5094-33.8132
182.35630.3799-0.03161.224-0.20532.3289-0.09960.35960.145-0.08150.18150.227-0.2577-0.3884-0.08980.46590.0857-0.05990.59980.06850.2413-46.660624.7965-60.0823
193.20630.02131.99741.48160.16592.1676-0.1420.1570.0982-0.03170.07480.0091-0.2349-0.12640.03570.44660.0476-0.03940.47940.02630.1864-36.805220.2741-49.4686
206.30933.25784.86291.78243.15678.74730.16310.9786-1.3602-0.5742-0.165-0.81061.47570.9425-0.12170.71340.13920.02320.63-0.12490.409-26.1186.9353-51.8332
212.551-1.23732.26221.4304-0.85422.4332-0.22260.09620.28310.0577-0.0181-0.1615-0.3020.03030.21770.40180.0424-0.04120.40630.05790.219-18.644116.9117-36.8173
224.0124-1.03890.85590.6237-0.20810.33410.43990.0452-0.4235-0.59290.18121.53780.0361-0.2176-0.41450.65590.1221-0.3181.06610.30911.73749.135229.8517-56.532
236.4966-1.95051.07311.7764-1.99422.51760.0561-0.1865-0.214-0.02320.14121.2953-0.166-0.5620.00890.37850.1106-0.00950.74560.10380.86722.903724.9078-45.0114
241.8072-0.3610.67412.7826-0.81263.13520.1388-0.39040.10950.37030.08870.7843-0.1079-0.5646-0.22870.45140.06930.08960.69890.10780.521332.118618.9117-36.4592
253.9733-0.33150.76553.59930.31142.0422-0.6510.07610.8080.66380.15870.1809-0.9719-0.52970.25390.52650.1998-0.03410.50470.06790.397945.095919.0948-27.8013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 132 through 162 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 185 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 205 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 206 through 226 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 255 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 256 through 283 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 284 through 321 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 322 through 342 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 343 through 368 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 369 through 387 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 132 through 162 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 205 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 206 through 226 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 227 through 283 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 284 through 309 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 310 through 368 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 369 through 387 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 133 through 205 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 206 through 255 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 256 through 273 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 274 through 388 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 133 through 236 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 237 through 292 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 293 through 368 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 369 through 389 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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