PDB-3w8v: Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 coiled coil peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w8v

タイトル

Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 coiled coil peptide

要素

GCN4n coiled coil peptide

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: A high-resolution structure that provides insight into coiled-coil thiodepsipeptide dynamic chemistry
著者: Dadon, Z. / Samiappan, M. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

履歴

登録	2013年3月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w8v.cif.gz	55.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w8v.ent.gz	42.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/3w8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/3w8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w92C 3w93C 1ij2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w92-d 5kp0-d 7b10-d 3jqk-d 3zij-d 5d7e-d 2owi-d 2iih-d 6miq-d 4oci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GCN4n coiled coil peptide

B: GCN4n coiled coil peptide

C: GCN4n coiled coil peptide

ヘテロ分子

11.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.168, 34.162, 95.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	GCN4n coiled coil peptide 分子量: 3586.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in GCN4 proteins family
#2: 化合物	ChemComp-TYZ / PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID 分子量: 179.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / Mosaicity: 0.927 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月8日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→23 Å / Num. all: 6348 / Num. obs: 6278 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 2.113 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	6.9	0.416	282	1.765	1	90.7
2.14-2.18	7.5	0.366	284	1.977	1	95.3
2.18-2.22	8.4	0.398	312	1.864	1	98.1
2.22-2.26	9	0.273	292	2.123	1	99.3
2.26-2.31	9.5	0.348	308	1.864	1	100
2.31-2.36	10.4	0.325	317	1.798	1	99.7
2.36-2.42	10.2	0.302	313	1.738	1	99.4
2.42-2.49	10.7	0.281	289	1.91	1	100
2.49-2.56	11.2	0.255	323	1.875	1	100
2.56-2.65	11	0.225	315	1.779	1	100
2.65-2.74	11.4	0.204	306	1.933	1	100
2.74-2.85	11.2	0.162	323	1.885	1	100
2.85-2.98	11.3	0.134	296	2.265	1	100
2.98-3.14	11.3	0.131	330	2.156	1	100
3.14-3.33	11.3	0.108	310	2.328	1	100
3.33-3.59	11.1	0.082	322	2.639	1	100
3.59-3.95	11.1	0.079	325	2.778	1	100
3.95-4.51	10.7	0.063	328	2.611	1	100
4.51-5.67	10.7	0.064	335	2.248	1	100
5.67-23	9.3	0.051	368	2.306	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	22.38 Å
Translation	2.5 Å	22.38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IJ2

1ij2

解像度: 2.1→22.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / WR_factor R_free: 0.2538 / WR_factor R_work: 0.1738 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7971 / SU B: 13.837 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2787 / SU R_free: 0.2517 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	607	9.8 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.2007	6211	98.31 %	-
all	-	6348	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 37.41 Å² / B_iso mean: 31.578 Å² / B_iso min: 2.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	753	0	68	71	892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.093	2.191	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.035	5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.851	24.286	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.866	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.161	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.881	1.5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.507	2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.838	3	367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.129	4.5	356

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	33	-
R_work	0.207	369	-
all	-	402	-
obs	-	-	89.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8045	0.3929	1.4156	0.4259	2.582	15.2067	-0.1037	-0.0561	0.0773	-0.1214	-0.0598	0.0511	-0.7272	-0.2463	0.1635	0.1627	0.0297	-0.0187	0.0195	0.0071	0.1526	-8.8255	3.3828	14.318
2	0.4791	-1.0195	-0.1226	2.685	2.4348	6.1436	-0.1001	-0.0649	0.0268	0.2087	0.1393	0.0773	0.4126	0.3596	-0.0392	0.0598	0.0213	-0.0449	0.1187	-0.0235	0.1447	-4.1934	-3.67	14.2375
3	0.5522	0.7375	1.2826	1.1472	1.0755	2.9287	0.0452	-0.1728	0.0322	0.0923	-0.2537	0.1388	0.1283	-0.4602	0.2086	0.0172	-0.0199	-0.0051	0.1837	-0.0326	0.1534	-12.5201	-4.8472	12.6315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	101 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	101 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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