ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | 2.2.1位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IJ2 解像度: 2.1→22.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2538 / WRfactor Rwork: 0.1738 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7971 / SU B: 13.837 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2787 / SU Rfree: 0.2517 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.288 | 607 | 9.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.192 | - | - | - |
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obs | 0.2007 | 6211 | 98.31 % | - |
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all | - | 6348 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 37.41 Å2 / Biso mean: 31.578 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.34 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.64 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.3 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.38 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 753 | 0 | 68 | 71 | 892 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.02 | 0.022 | 814 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.093 | 2.191 | 1060 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.035 | 5 | 86 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg21.851 | 24.286 | 21 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg17.866 | 15 | 172 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg14.161 | 15 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.094 | 0.2 | 120 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 538 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.881 | 1.5 | 447 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.507 | 2 | 704 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.838 | 3 | 367 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.129 | 4.5 | 356 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.377 | 33 | - |
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Rwork | 0.207 | 369 | - |
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all | - | 402 | - |
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obs | - | - | 89.73 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.8045 | 0.3929 | 1.4156 | 0.4259 | 2.582 | 15.2067 | -0.1037 | -0.0561 | 0.0773 | -0.1214 | -0.0598 | 0.0511 | -0.7272 | -0.2463 | 0.1635 | 0.1627 | 0.0297 | -0.0187 | 0.0195 | 0.0071 | 0.1526 | -8.8255 | 3.3828 | 14.318 | 2 | 0.4791 | -1.0195 | -0.1226 | 2.685 | 2.4348 | 6.1436 | -0.1001 | -0.0649 | 0.0268 | 0.2087 | 0.1393 | 0.0773 | 0.4126 | 0.3596 | -0.0392 | 0.0598 | 0.0213 | -0.0449 | 0.1187 | -0.0235 | 0.1447 | -4.1934 | -3.67 | 14.2375 | 3 | 0.5522 | 0.7375 | 1.2826 | 1.1472 | 1.0755 | 2.9287 | 0.0452 | -0.1728 | 0.0322 | 0.0923 | -0.2537 | 0.1388 | 0.1283 | -0.4602 | 0.2086 | 0.0172 | -0.0199 | -0.0051 | 0.1837 | -0.0326 | 0.1534 | -12.5201 | -4.8472 | 12.6315 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 32 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A101 - 102 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A201 - 220 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B1 - 32 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B101 - 102 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B201 - 227 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | C1 - 32 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | C101 - 103 | 9 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | C201 - 224 | | | | | | | | | |
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