PDB-3w6x: Yeast N-acetyltransferase Mpr1 in complex with CHOP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w6x

タイトル

Yeast N-acetyltransferase Mpr1 in complex with CHOP

要素

MPR1 protein

キーワード

TRANSFERASE / detoxification of L-azetidine-2-carboxylate / antioxidant enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate-5-semialdehyde N-acetyltransferase / azetidine-2-carboxylic acid acetyltransferase activity / proline catabolic process / L-arginine biosynthetic process / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.299 Å

データ登録者

Nasuno, R. / Hirano, Y. / Itoh, T. / Hakoshima, T. / Hibi, T. / Takagi, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and functional analysis of the yeast N-acetyltransferase Mpr1 involved in oxidative stress tolerance via proline metabolism
著者: Nasuno, R. / Hirano, Y. / Itoh, T. / Hakoshima, T. / Hibi, T. / Takagi, H.

履歴

登録	2013年2月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w6x.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w6x.ent.gz	857.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3w6x_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w6x_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	3w6x_validation.xml.gz	98.3 KB	表示
CIF形式データ	3w6x_validation.cif.gz	133.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w6sC 3w91SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w6s-2 3w91-1 3w91-2 2z0j-4 6hc7-1 6hc7-2 4fq5-d 4f12-d 6z37-d 5n2i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MPR1 protein

B: MPR1 protein

C: MPR1 protein

D: MPR1 protein

E: MPR1 protein

F: MPR1 protein

G: MPR1 protein

H: MPR1 protein

I: MPR1 protein

J: MPR1 protein

K: MPR1 protein

L: MPR1 protein

ヘテロ分子

319 kDa, 12 ポリマー
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1

A: MPR1 protein

B: MPR1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: MPR1 protein

D: MPR1 protein

ヘテロ分子

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53.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: MPR1 protein

F: MPR1 protein

ヘテロ分子

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53.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: MPR1 protein

H: MPR1 protein

ヘテロ分子

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53.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: MPR1 protein

J: MPR1 protein

ヘテロ分子

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53.1 kDa, 2 ポリマー
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6

K: MPR1 protein

L: MPR1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.345, 229.340, 84.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MPR1 protein 分子量: 26256.924 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: sigma1278b / 遺伝子: MPR1 / プラスミド: pQE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 参照: UniProt: E9P8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-HZP / (4S)-4-hydroxy-L-proline / cis-4-ヒドロキシ-L-プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23%(w/v) PEG 3350, 0.1M bis-tris, 0.2M MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98508 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98508 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.299→56.945 Å / Num. obs: 134196 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 19509 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX	(autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	(autosol)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3W91

3w91

解像度: 2.299→56.945 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.855 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2145	6742	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1658	-	-	-
obs	0.1683	134101	98.89 %	-
all	-	134139	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.32 Å² / B_iso mean: 38.2042 Å² / B_iso min: 15.04 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2645 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.299→56.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21763	0	203	602	22568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	22651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.361	30813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.907	7991
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	3316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3897

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2987-2.3248	0.2962	242	0.2257	4046	96
2.3248-2.3521	0.2712	231	0.238	4275	99
2.3521-2.3808	0.2775	219	0.2247	4170	99
2.3808-2.411	0.2987	225	0.2139	4273	99
2.411-2.4427	0.2566	235	0.2065	4225	99
2.4427-2.4761	0.2747	212	0.2065	4212	99
2.4761-2.5115	0.2716	227	0.2101	4282	99
2.5115-2.549	0.2398	241	0.2034	4188	99
2.549-2.5888	0.2813	210	0.2004	4250	99
2.5888-2.6313	0.2676	240	0.1982	4232	99
2.6313-2.6767	0.265	212	0.1959	4278	99
2.6767-2.7253	0.2403	217	0.1939	4206	99
2.7253-2.7777	0.2351	229	0.194	4266	99
2.7777-2.8344	0.2605	218	0.1809	4249	99
2.8344-2.8961	0.2719	212	0.1889	4276	99
2.8961-2.9634	0.2652	216	0.1912	4291	99
2.9634-3.0375	0.206	230	0.1849	4218	99
3.0375-3.1197	0.2342	213	0.1894	4260	99
3.1197-3.2114	0.2681	247	0.1966	4278	99
3.2114-3.3151	0.2317	232	0.1855	4228	99
3.3151-3.4336	0.225	210	0.1701	4249	99
3.4336-3.571	0.2098	253	0.1643	4253	99
3.571-3.7335	0.1916	213	0.1486	4286	99
3.7335-3.9303	0.1793	220	0.1467	4273	99
3.9303-4.1765	0.1968	230	0.1362	4282	99
4.1765-4.4988	0.1651	224	0.115	4280	99
4.4988-4.9513	0.1447	216	0.111	4251	99
4.9513-5.6672	0.1644	227	0.1239	4196	98
5.6672-7.1379	0.1859	213	0.1533	4266	98
7.1379-56.9626	0.1501	228	0.139	4320	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.784 Å / Origin y: 6.815 Å / Origin z: -3.047 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1903 Å²	-0.0017 Å²	-0.0061 Å²	-	0.1962 Å²	0.0007 Å²	-	-	0.2108 Å²
L	-0.0169 °²	-0.0029 °²	-0.0256 °²	-	-0.0204 °²	-0.0013 °²	-	-	0.0589 °²
S	0.0209 Å °	0.0052 Å °	0.0034 Å °	-0.0016 Å °	-0.0222 Å °	-0.0003 Å °	-0.0023 Å °	0.0004 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	5 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	301 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	5 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	301 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	301 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	5 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	301
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	5 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	301
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	5 - 229
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	301
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	5 - 228
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	301 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	5 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	301
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	5 - 229
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	301
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	5 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	301
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	5 - 229
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	301
23	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	302
24	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	302
25	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	302
26	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	302
27	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	5 - 229
28	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	301
29	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401 - 464
30	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401 - 476
31	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	401 - 452
32	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	401 - 447
33	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	401 - 456
34	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	401 - 453
35	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	401 - 472
36	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	401 - 438
37	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	401 - 449
38	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	401 - 438
39	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	401 - 431
40	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	401 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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