PDB-3w6m: Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w6m

タイトル

Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthermostable endocellulase

要素

458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

キーワード

HYDROLASE / Hyperthermophilic / Disulfide bond / TIM barrel / Glycosyl Hydrolase / Hydrolizaiton / Membrane-bound

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.948 Å

データ登録者

Kim, H.-W. / Ishikawa, K.

引用

ジャーナル: Extremophiles / 年: 2013
タイトル: The role of disulfide bond in hyperthermophilic endocellulase
著者: Kim, H.-W. / Ishikawa, K.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w6m.cif.gz	249.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w6m.ent.gz	207.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w6m_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w6m_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	3w6m_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	3w6m_validation.cif.gz	72.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w6lC 2zun 3axx 3qhm 3qhn 3qho C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dm2-3 3qhm-2 3wki-d 3w6l-1 4f13-2 3qhn-2 3qhn-3 4dm1-1 2zun-1 3qho-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

B: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

C: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

130 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.236, 58.675, 138.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-843- HOH

#1: タンパク質	458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase 分子量: 43296.648 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP resideus 34-410 / 変異: P74C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58925, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / Mosaicity: 0.392 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M ammonium phosphate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.948→50 Å / Num. obs: 88558 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.196 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	4.1	0.305	4317	1.006	1	98.5
1.98-2.02	4.2	0.268	4355	1.062	1	98.5
2.02-2.06	4.2	0.234	4353	1.096	1	98.7
2.06-2.1	4.2	0.208	4393	1.148	1	99
2.1-2.15	4.2	0.193	4369	1.152	1	99.3
2.15-2.2	4.2	0.174	4401	1.214	1	98.8
2.2-2.25	4.2	0.153	4390	1.227	1	99.1
2.25-2.31	4.3	0.152	4391	1.255	1	99.4
2.31-2.38	4.3	0.136	4429	1.189	1	99.6
2.38-2.46	4.3	0.124	4405	1.273	1	99.5
2.46-2.54	4.3	0.117	4410	1.239	1	99.8
2.54-2.65	4.4	0.107	4431	1.25	1	99.6
2.65-2.77	4.4	0.096	4457	1.229	1	99.8
2.77-2.91	4.5	0.086	4440	1.263	1	100
2.91-3.1	4.5	0.076	4447	1.228	1	100
3.1-3.33	4.6	0.068	4458	1.239	1	100
3.33-3.67	4.6	0.06	4496	1.082	1	100
3.67-4.2	4.6	0.052	4480	1.235	1	100
4.2-5.29	4.5	0.046	4516	1.224	1	100
5.29-50	4.4	0.052	4620	1.274	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.948→34.534 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / FOM work R set: 0.8975 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	4453	5.03 %
R_work	0.1543	-	-
obs	0.156	88537	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.388 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.26 Å² / B_iso mean: 15.6121 Å² / B_iso min: 3.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0275 Å²	0 Å²	0.0426 Å²
2-	-	0.0703 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.0979 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.948→34.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9201	0	36	877	10114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	13038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.45	3357

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9481-1.9702	0.227	106	0.1527	2365	2471	85
1.9702-1.9934	0.227	153	0.161	2763	2916	99
1.9934-2.0177	0.184	149	0.1551	2810	2959	99
2.0177-2.0432	0.2001	153	0.1476	2748	2901	99
2.0432-2.0701	0.202	128	0.1497	2785	2913	99
2.0701-2.0984	0.2127	152	0.1489	2798	2950	99
2.0984-2.1284	0.2076	148	0.1546	2778	2926	99
2.1284-2.1602	0.1985	153	0.1542	2803	2956	99
2.1602-2.1939	0.2073	160	0.1457	2752	2912	99
2.1939-2.2299	0.1723	152	0.148	2750	2902	99
2.2299-2.2683	0.1929	151	0.1433	2833	2984	99
2.2683-2.3096	0.2104	127	0.1519	2828	2955	100
2.3096-2.354	0.1842	151	0.1559	2796	2947	100
2.354-2.402	0.2118	147	0.1567	2764	2911	100
2.402-2.4542	0.1719	151	0.1532	2845	2996	100
2.4542-2.5113	0.1959	121	0.1538	2836	2957	100
2.5113-2.5741	0.196	151	0.1606	2815	2966	100
2.5741-2.6437	0.2298	163	0.1666	2789	2952	100
2.6437-2.7214	0.2127	138	0.1596	2824	2962	100
2.7214-2.8092	0.1978	147	0.1594	2823	2970	100
2.8092-2.9096	0.1879	160	0.1605	2825	2985	100
2.9096-3.026	0.2124	153	0.1604	2837	2990	100
3.026-3.1637	0.1811	156	0.1639	2833	2989	100
3.1637-3.3303	0.1767	163	0.149	2810	2973	100
3.3303-3.5388	0.1753	135	0.1488	2858	2993	100
3.5388-3.8117	0.1496	153	0.145	2845	2998	100
3.8117-4.1947	0.17	155	0.1336	2871	3026	100
4.1947-4.8003	0.1494	149	0.1333	2859	3008	100
4.8003-6.0426	0.1793	182	0.1642	2874	3056	100
6.0426-34.5394	0.2172	146	0.2007	2967	3113	100

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