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万見
- PDB-3w6k: Crystal structure of dimer of ScpB N-terminal domain complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6k
タイトルCrystal structure of dimer of ScpB N-terminal domain complexed with ScpA peptide
要素
  • ScpA
  • ScpB
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / regulatory subcomplex / SMC / winged HTH
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome separation / DNA複製 / 細胞分裂 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation/condensation protein ScpB / Segregation and condensation complex subunit ScpB / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Segregation and condensation protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.374 Å
データ登録者Kamada, K. / Hirano, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of SMC ATPase activation: role of internal structural changes of the regulatory subcomplex ScpAB
著者: Kamada, K. / Miyata, M. / Hirano, T.
履歴
登録2013年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScpA
B: ScpB
C: ScpB
D: ScpA
E: ScpB
F: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0386
ポリマ－43,0386
非ポリマー00
水1,820101
1
A: ScpA
B: ScpB
C: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5193
ポリマ－21,5193
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
2
D: ScpA
E: ScpB
F: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5193
ポリマ－21,5193
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.823, 88.919, 60.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ScpA


分子量: 1996.222 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 125-142 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
参照: UniProt: A0A0E0TE00*PLUS
#2: タンパク質
ScpB


分子量: 9761.276 Da / 分子数: 4 / 断片: UNp residues 12-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
株: strain 10 / 遺伝子: scpB / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E0TE00*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN ENTITY 2, GPHM HAVE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN ENTITY 2, GPHM HAVE BEEN ADDED AT N-TERMINAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100mM Na malonate-HCl, 3.0-3.3M Na formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.374→50 Å / Num. obs: 23087 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.586 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 37.406
反射 シェル解像度: 2.374→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 11.464 / Num. unique all: 1048 / Rsym value: 0.116 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dimer of Geobacillus stearothermophilus ScpB N-terminal domain

解像度: 2.374→46.476 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 1182 5.13 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.2383 23058 99.42 %-
all-23191 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.526 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7307 Å20 Å21.3997 Å2
2---4.2974 Å2-0 Å2
3----2.4333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.374→46.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2759 0 0 101 2860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2963749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5781058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.374-2.48180.41161280.28692682281097
2.4818-2.61270.29621490.254227082857100
2.6127-2.77630.29531370.233727562895100
2.7763-2.99070.30091500.247527352885100
2.9907-3.29150.27671590.250427112870100
3.2915-3.76770.29761630.230527332896100
3.7677-4.74610.28771510.208127552906100
4.7461-46.48470.23611450.239727962941100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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