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万見
- PDB-3w5q: Crystal structure of complexes of vitamin D receptor ligand bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5q
タイトルCrystal structure of complexes of vitamin D receptor ligand binding domain with lithocholic acid derivatives
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC-FINGER / NUCLEAR RECEPTOR-AGONIST COMPLEX / RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / DNA-BINDING / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / G0 to G1 transition / Nuclear Receptor transcription pathway / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / core mediator complex / positive regulation of parathyroid hormone secretion / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to vitamin D / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / vitamin D binding / lithocholic acid binding / bile acid nuclear receptor activity / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / negative regulation of ossification / vitamin D receptor signaling pathway / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear vitamin D receptor binding / intestinal absorption / lens development in camera-type eye / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to steroid hormone stimulus / response to aldosterone / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / histone acetyltransferase binding / RSV-host interactions / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / LBD domain binding / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / monocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / decidualization / general transcription initiation factor binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / animal organ regeneration / erythrocyte development / heterochromatin / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / T-tubule / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / apoptotic signaling pathway / skeletal system development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / Heme signaling / brain development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / euchromatin / caveola / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(5beta,9beta)-3-oxocholan-24-oic acid / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Masuno, H. / Ikura, T. / Ito, N.
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of complexes of vitamin D receptor ligand-binding domain with lithocholic acid derivatives.
著者: Masuno, H. / Ikura, T. / Morizono, D. / Orita, I. / Yamada, S. / Shimizu, M. / Ito, N.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5403
ポリマ－32,1662
非ポリマー3751
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.799, 42.339, 41.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: VDR-LBD, UNP RESIDUES 116-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: DRIP 205 NR2 BOX PEPTIDE, UNP RESIDUES 640-652 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-3KL / (5beta,9beta)-3-oxocholan-24-oic acid / 3-keto-lithocholic acid / 3-オキソ-5β-コラン-24-酸


分子量: 374.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M 3-(N-morpholino) propanesulfonic acid/sodium hydroxide, 0.1-0.4M sodium formate, 12-22% PEG 4000, 0-10% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21020 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 41.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1726 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SERGUIデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→38.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 214194.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1955 9.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all-21789 --
obs-19834 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4726 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.68 Å20 Å2-6.36 Å2
2--17.09 Å20 Å2
3----4.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 27 110 2151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 280 9.7 %
Rwork0.353 2608 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6KET.paramKET.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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