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万見
- PDB-3w5n: Crystal Structure of Streptomyces avermitilis alpha-L-rhamnosidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5n
タイトルCrystal Structure of Streptomyces avermitilis alpha-L-rhamnosidase complexed with L-rhamnose
要素Putative rhamnosidase
キーワードHYDROLASE / fibronectin-type 3 fold / beta-jelly roll / (alpha/alpha)6-barrel / beta-sandwich / Glycoside Hydrolase / L-RHAMNOSIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-rhamnosidase / Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily ...Alpha-L-rhamnosidase / Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-rhamnopyranose / Alpha-L-rhamnosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Jackson, A. / Michikawa, M. / Maehara, T. / Momma, M. / Henrissat, B.F. / Gilbert, H.J. / Kaneko, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The structure of a Streptomyces avermitilis alpha-L-rhamnosidase reveals a novel carbohydrate-binding module CBM67 within the six-domain arrangement.
著者: Fujimoto, Z. / Jackson, A. / Michikawa, M. / Maehara, T. / Momma, M. / Henrissat, B.F. / Gilbert, H.J. / Kaneko, S.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of an alpha-L-Rhamnosidase from Streptomyces avermitilis
著者: Ichinose, H. / Fujimoto, Z. / Kaneko, S.
履歴
登録2013年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative rhamnosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,81913
ポリマ－113,5341
非ポリマー1,28412
水19,7801098
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.063, 128.559, 75.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 A

#1: タンパク質 Putative rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase


分子量: 113534.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: SAV_828 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: Q82PP4, alpha-L-rhamnosidase
#3: 糖
ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1105分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 10% (w/v) PEG 6000, 5% (v/v) MPD, 0.1M HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.59 Å / Num. obs: 91813 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 14.715 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 9161 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3W5M

3w5m


解像度: 1.8→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.394 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19366 4598 5 %RANDOM
Rwork0.16285 ---
obs0.16442 87107 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å2-0.51 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.127 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7914 0 83 1098 9095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.94111365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04451052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26222.622370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.848151170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4791572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 336 -
Rwork0.23 6415 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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