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- PDB-3w4k: Crystal Structure of human DAAO in complex with coumpound 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w4k
タイトルCrystal Structure of human DAAO in complex with coumpound 13
要素D-amino-acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxy-6-(2-phenylethyl)pyridazin-4(1H)-one / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Hondo, T. / Warizaya, M. / Niimi, T. / Namatame, I. / Yamaguchi, T. / Nakanishi, K. / Hamajima, T. / Harada, K. / Sakashita, H. / Matsumoto, Y. ...Hondo, T. / Warizaya, M. / Niimi, T. / Namatame, I. / Yamaguchi, T. / Nakanishi, K. / Hamajima, T. / Harada, K. / Sakashita, H. / Matsumoto, Y. / Orita, M. / Watanabe, T. / Takeuchi, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: 4-Hydroxypyridazin-3(2H)-one Derivatives as Novel d-Amino Acid Oxidase Inhibitors.
著者: Hondo, T. / Warizaya, M. / Niimi, T. / Namatame, I. / Yamaguchi, T. / Nakanishi, K. / Hamajima, T. / Harada, K. / Sakashita, H. / Matsumoto, Y. / Orita, M. / Takeuchi, M.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _software.version
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,09112
ポリマ－158,0844
非ポリマー4,0078
水00
1
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0456
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,0044
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
2
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0456
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,0044
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area50760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.663, 182.463, 50.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
D-amino-acid oxidase / DAAO / DAMOX / DAO


分子量: 39520.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAO, DAMOX / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14920, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-3LD / 3-hydroxy-6-(2-phenylethyl)pyridazin-4(1H)-one


分子量: 216.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 % / Mosaicity: 0.8 °
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 8
詳細: 10-15% (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH8.0, 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 10% (v/v) glycerol, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→48.12 Å / Num. obs: 31226 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Χ2: 3.57 / Net I/σ(I): 4.3 / Scaling rejects: 4220
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.86-2.963.550.5191.61129131073.5325495.5
2.96-3.083.590.4351.91137930983.4724395.5
3.08-3.223.650.4182.11169931133.8934094.9
3.22-3.393.610.3282.61160831314.2229495.1
3.39-3.63.580.2633.31140230654.6643894.1
3.6-3.883.420.214.11096830804.5642993.5
3.88-4.273.450.1664.91110731004.3641793.5
4.27-4.893.730.12661199030963.3143494
4.89-6.163.930.116.71304931982.449594.6
6.16-48.123.80.0738.81317532381.8787691.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIデータスケーリング
d*TREK7.1SSIデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / WRfactor Rfree: 0.2699 / WRfactor Rwork: 0.1972 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7436 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.3359 / SU Rfree: 0.4626 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.635 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3441 1566 5.1 %RANDOM
Rwork0.2334 ---
obs0.2392 30809 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.61 Å2 / Biso mean: 46.4544 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10932 0 276 0 11208
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.934 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 108 -
Rwork0.374 2114 -
all-2222 -
obs--93.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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