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万見
- PDB-3w3e: Structure of Vigna unguiculata chitinase with regulation activity... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3e
タイトルStructure of Vigna unguiculata chitinase with regulation activity of the plant cell wall
要素Cotyledoneous yieldin-like protein
キーワードHYDROLASE / alpha helical protein / Family 19 glycosidase / Regulatory protein of the cell wall yield threshold / cotyledon
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / defense response / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vigna unguiculata (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Morohashi, K. / Sasaki, K. / Sakabe, N. / Sakabe, K.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Three-dimensional structure analysis of Vigna unguiculata chitinase with regulation activity of the yield threshold of cell wall
著者: Morohashi, M. / Sasaki, K. / Sakabe, N. / Sakabe, K.
#1: ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 1999
タイトル: Rotated-inclined focusing monochromator with simultaneous tuning of asymmetry factor and radius of curvature over a wide wavelength range
著者: Sakabe, N. / Watanabe, N. / Suzuki, M. / Higashi, Y.
#2: ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2001
タイトル: Distribution of yieldin, a regulatory protein of the cell wall yield threshold, in etiolated cowpea seedlings.
著者: Okamoto-Nakazato, A. / Takahashi, K. / Katoh-Semba, R. / Katou, K.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cotyledoneous yieldin-like protein
B: Cotyledoneous yieldin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2022
ポリマ－52,2022
非ポリマー00
水10,665592
1
A: Cotyledoneous yieldin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1011
ポリマ－26,1011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cotyledoneous yieldin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1011
ポリマ－26,1011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.700, 48.600, 65.200
Angle α, β, γ (deg.)97.70, 100.40, 106.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cotyledoneous yieldin-like protein


分子量: 26100.967 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-269 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna unguiculata (マメ科) / 器官: cotyledon / 参照: UniProt: Q8H0C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30mg/ml protein, 0.1M Tris HCl, 0.1M Lithium sulfate, 30% PEG6000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月5日 / 詳細: Platinum-coated silicon bent mirrors
放射モノクロメーター: Rotated-inclined focusing S(111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→55.9 Å / Num. obs: 76333 / % possible obs: 92.1 % / Biso Wilson estimate: 24.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DXJ

1dxj


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.676 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23493 3515 5 %RANDOM
Rwork0.20222 ---
obs0.20386 66166 94.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20.63 Å2-0.64 Å2
2--0.16 Å2-0.97 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3678 0 0 592 4270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9285140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5375482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39823180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81915536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8281530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213028
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 222 -
Rwork0.319 4054 -
obs-4054 78.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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