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万見
- PDB-3w38: Sugar beet alpha-glucosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w38
タイトルSugar beet alpha-glucosidase
要素Alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / CARBOHYDRATE / alpha-glucosidase / glycoside hydrolase family 31 / (beta/alpha)8-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucosidase / : / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 31, conserved site / Glycosyl hydrolases family 31 signature 2. / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain ...: / Glycosyl hydrolases family 31, conserved site / Glycosyl hydrolases family 31 signature 2. / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Beta vulgaris (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Tagami, T. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Mori, H. / Yao, M. / Kimura, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for the recognition of long-chain substrates by plant & alpha-glucosidase
著者: Tagami, T. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Mori, H. / Yao, M. / Kimura, A.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32014年7月30日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4965
ポリマ－102,5121
非ポリマー9844
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.534, 95.463, 107.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Alpha-glucosidase / Maltase


分子量: 102512.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds / 由来: (天然) Beta vulgaris (植物) / 株: cv. Abend / 参照: UniProt: L0N7E5*PLUS, alpha-glucosidase
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS AB699590 FOR THIS SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100mM ammonium sulfate, 50mM sodium acetate buffer, 18% PEG monomethylether 2000, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月30日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→43.67 Å / Num. obs: 21842 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 40.451 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.79-2.960.6940.5813.6419199349833600.64596.1
2.96-3.160.4470.3675.5919169328832850.40799.9
3.16-3.410.2990.2438.0717739305430470.2799.8
3.41-3.740.1970.15611.5316473284428400.17399.9
3.74-4.180.1310.10914.8214842258025740.12299.8
4.18-4.810.080.07719.0213068229422910.08599.9
4.81-5.880.0760.07319.5411039196219510.08199.4
5.88-8.240.0670.06520.528572155415510.07299.8
8.240.0370.04726.8247759569430.05298.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→43.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 14.525 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.418
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1090 5 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2293 21842 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.34 Å2 / Biso mean: 30.7397 Å2 / Biso min: 5.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.77 Å20 Å20 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6583 0 62 35 6680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.026840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9559328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.175311118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1875823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89423.197319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.977151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9121546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021491
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.864 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 64 -
Rwork0.323 1295 -
all-1359 -
obs-1295 91.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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