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万見
- PDB-3w31: Structual basis for the recognition of Ubc13 by the Shigella flex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w31
タイトルStructual basis for the recognition of Ubc13 by the Shigella flexneri effector OspI
要素
  • ORF169b
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type 3 secretion system / Effector / Deamidation
機能・相同性
機能・相同性情報


UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of intracellular signal transduction ...UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of intracellular signal transduction / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / regulation of DNA repair / negative regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of DNA repair / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ubiquitin binding / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / G2/M DNA damage checkpoint / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Aggrephagy / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / T cell receptor signaling pathway / Processing of DNA double-strand break ends / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathepsin B; Chain A - #140 / : / : / Shigella glutamine deamidase OspI / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme ...Cathepsin B; Chain A - #140 / : / : / Shigella glutamine deamidase OspI / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / ORF169b
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Nishide, A. / Kim, M. / Takagi, K. / Sasakawa, C. / Mizushima, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the recognition of Ubc13 by the Shigella flexneri effector OspI.
著者: Nishide, A. / Kim, M. / Takagi, K. / Himeno, A. / Sanada, T. / Sasakawa, C. / Mizushima, T.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF169b
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0666
ポリマ－41,5592
非ポリマー5084
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.238, 119.238, 69.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 ORF169b


分子量: 24118.807 Da / 分子数: 1 / 変異: C62A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ORF169b, CP0209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VSD5
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / ...Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / Ubiquitin-protein ligase N


分子量: 17440.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2N, BLU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61088, ubiquitin-protein ligase
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4M potassium iodide, 0.1M MES (pH6.5), 4mM DTT, 15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→50 Å / Num. all: 12250 / Num. obs: 12193 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B21, 1JBB

3b21

1jbb


解像度: 2.96→33.1 Å
Rfactor反射数
Rfree0.284 1251
Rwork0.245 -
all-12256
obs-12150
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.685 Å20 Å20 Å2
2--0.685 Å20 Å2
3----1.369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2699 0 4 0 2703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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