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万見
- PDB-3w2a: Crystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w2a
タイトルCrystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acting site upstream icsp promoter
要素
  • (DNA (31-mer)) x 2
  • Virulence regulon transcriptional activator VirB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ParS like DNA binding sites / ParB like protein / HTH DNA binding domain / ParB like / HTH DNA-binding motif / transcriptional activator / sequence specific dsDNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ParB protein family, C-terminal / ParB family / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Virulence regulon transcriptional activator VirB
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.775 Å
データ登録者Gao, X.P. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into VirB-DNA complexes reveal mechanism of transcriptional activation of virulence genes
著者: Gao, X.P. / Zou, T.T. / Mu, Z.X. / Qin, B. / Yang, J. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. / Jin, Q.
履歴
登録2012年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Structure summary
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32013年12月25日Group: Database references
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence regulon transcriptional activator VirB
B: DNA (31-mer)
C: DNA (31-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4533
ポリマ－35,4533
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.316, 39.828, 73.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Virulence regulon transcriptional activator VirB / Cell invasion regulator InvE


分子量: 16395.389 Da / 分子数: 1 / 断片: core domain, UNP residues 129-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
株: 301 / 遺伝子: virB / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P0A247
#2: DNA鎖 DNA (31-mer)


分子量: 9395.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA (31-mer)


分子量: 9662.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M MgCl2 0.1M Sodium acetate 16% PEG-400, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月3日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.775→48.246 Å / Num. all: 23902 / Num. obs: 23902 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 65.815 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.86
反射 シェル解像度: 2.78→2.94 Å / 冗長度: 5.76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 3942 / Rsym value: 0.761 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASERMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VWB

3vwb


解像度: 2.775→48.246 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7263 / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.74 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 1194 5.02 %RANDOM
Rwork0.2415 ---
all0.2426 23902 --
obs0.2426 23806 97.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.102 Å2 / ksol: 0.256 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 304.23 Å2 / Biso mean: 100.0706 Å2 / Biso min: 30.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-38.2239 Å2-0 Å2-9.5862 Å2
2---20.5652 Å2-0 Å2
3----17.6587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.775→48.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数912 943 0 41 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9242882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.205822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7755-2.88660.44281140.41992181229585
2.8866-3.01790.39041380.377225452683100
3.0179-3.1770.37151330.30262545267899
3.177-3.3760.28731340.25582525265998
3.376-3.63660.2781330.255525772710100
3.6366-4.00240.26211360.217325692705100
4.0024-4.58120.20171360.192125292665100
4.5812-5.77030.21911350.207125682703100
5.7703-48.25360.23371350.228125732708100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90450.5477-1.93383.2007-0.54293.857-0.27450.1288-0.0864-0.8992-0.2234-0.7717-0.59730.18040.25940.526-0.09010.1620.46480.05270.48742.051212.87095.2327
25.1141-3.7842-0.58354.77382.73752.8589-0.14391.06730.4479-1.05050.50.1985-0.30620.1591-0.00180.9860.03490.07280.55720.06520.565238.49986.7145-4.3825
33.67250.0243-0.13024.82810.39723.85930.04310.23690.2059-0.58280.24510.33180.1655-0.1878-0.47080.4441-0.01230.06690.41390.05220.38438.69975.48266.227
41.50051.53932.19152.21820.74716.74170.27870.48281.07260.8571-0.2618-0.8394-0.26370.86160.14790.5439-0.0350.14650.42290.15060.467739.442817.129122.1213
52.6539-1.8601-2.21278.6936-3.13962.0679-0.2581-0.4178-0.4252-0.30120.1964-0.32680.89960.0696-0.19530.80970.220.12330.46560.03550.405238.15056.866320.0081
62.8602-0.44530.16124.1551-0.10861.90140.47560.61720.4818-0.8151-0.79091.91-0.9554-0.96620.30440.85180.16670.00860.6278-0.01470.677826.833319.395818.8485
72.09140.29645.19867.0731.69597.5125-0.736-0.36980.2392-0.091-0.4845-0.7455-0.3604-0.41710.03551.0745-0.3891.00730.05270.6387-1.023734.442920.535733.4333
84.5095-1.69035.96342.0184-0.65817.93361.0731-1.05160.5090.18760.6854-0.3379-0.061.1909-1.18951.81890.0738-0.04320.86760.07730.628242.586612.774538.5356
91.1134-1.72161.15475.046-0.25172.50350.4156-1.23210.4447-0.61370.1274-0.80890.34240.5456-0.11460.91510.07830.26890.5751-0.02750.487937.34219.184431.3337
106.8373-1.3985-4.66052.2971-0.29173.94330.3962-0.06210.381-0.00410.14911.49950.0501-1.5644-0.30811.2786-0.12530.08050.87250.16360.85524.693813.425828.2612
110.71180.13280.6160.02620.11110.5261-0.3159-0.1272-0.26290.3144-0.57950.867-0.2618-0.48650.60071.5413-0.5523-0.09292.9397-0.11422.9611.6248-3.9312-9.5106
122.9402-0.3646-1.51254.0378-1.47143.39310.2090.2582-0.5802-0.3680.13430.2771-0.21780.4615-0.22090.5588-0.1015-0.26050.491-0.04630.565336.6849-5.458610.5025
133.77411.62-0.96220.90270.52764.5675-0.3416-0.6577-0.93230.6540.37510.13940.6139-0.261-0.16781.74860.0742-0.43842.04790.16451.002253.8054-12.323535.8519
143.17350.2075-0.04484.41341.34965.15530.1616-0.2147-1.0920.03860.48520.28890.10090.7868-0.44150.47420.0985-0.12360.55070.10370.676641.7944-8.304617.6041
151.95-3.8039-5.18772.0046-5.7364.53370.46160.7192-0.2956-0.94681.7061-0.72911.0041-1.047-0.86992.48090.6867-1.94611.38850.5740.675218.40852.3324-10.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 133:147)A133 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 148:157)A148 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 158:174)A158 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 175:184)A175 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 185:196)A185 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 197:216)A197 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 217:223)A217 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 224:229)A224 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 230:240)A230 - 240
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 241:246)A241 - 246
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 4:7)B4 - 7
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 8:22)B8 - 22
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 23:26)B23 - 26
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 3:20)C3 - 20
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 21:25)C21 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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