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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w21 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Novel N-Substituted L-Amino Acid Dioxygenase in complex with alpha-KG from Burkholderia ambifaria AMMD | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DSBH fold / Dioxygenase / Zn / alpha-KG binding | ||||||
機能・相同性 | q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit Fe(2+) 2OG dioxygenase domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, H.M. / Miyakawa, T. / Jia, M.Z. / Nakamura, A. / Ohtsuka, J. / Xue, Y.L. / Kawashima, T. / Kasahara, T. / Hibi, M. / Ogawa, J. / Tanokura, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Novel N-Substituted L-Amino Acid Dioxygenase from Burkholderia ambifaria AMMD 著者: Qin, H.M. / Miyakawa, T. / Jia, M.Z. / Nakamura, A. / Ohtsuka, J. / Xue, Y.L. / Kawashima, T. / Kasahara, T. / Hibi, M. / Ogawa, J. / Tanokura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31172.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-244 / AMMD / 遺伝子: Bamb_6045 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AKG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES, 30%(w/v) PEG3000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 37009 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 56.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique all: 1808 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: THE SEMET SUBSTITUTES OF SADA WAS USED AS A STARTING MODEL. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.051 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→32.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
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