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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w1y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T brucei ATG8.2 in complex with E coli S10 | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN/RIBOSOMAL PROTEIN / Autophage protein 8 / Autophage protein 12 / ubiquitin fold / TRANSPORT PROTEIN-RIBOSOMAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to nitrogen starvation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / autophagy / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding ...cellular response to nitrogen starvation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / autophagy / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yuan, Y.A. / Wang, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of T brucei ATG8.2 著者: Yuan, Y.A. / Wang, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3h9dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15633.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.7.3320 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, MPD, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15654 / Num. obs: 15654 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3h9d 解像度: 2.3→44.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 14.219 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.511 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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