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- PDB-3vzq: Crystal structure of Q47L mutant of PhaB from Ralstonia eutropha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vzq
タイトルCrystal structure of Q47L mutant of PhaB from Ralstonia eutropha
要素Acetoacetyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetoacetyl-CoA reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Acetoacetyl-CoA reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetoacetyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ikeda, K. / Tanaka, Y. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Directed evolution and structural analysis of NADPH-dependent Acetoacetyl Coenzyme A (Acetoacetyl-CoA) reductase from Ralstonia eutropha reveals two mutations responsible for enhanced kinetics
著者: Matsumoto, K. / Tanaka, Y. / Watanabe, T. / Motohashi, R. / Ikeda, K. / Tobitani, K. / Yao, M. / Tanaka, I. / Taguchi, S.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3152
ポリマ－55,3152
非ポリマー00
水7,332407
1
A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase

A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6294
ポリマ－110,6294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area35080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.570, 88.630, 70.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

21A-378-

HOH

31B-434-

HOH

41B-471-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acetoacetyl-CoA reductase


分子量: 27657.314 Da / 分子数: 2 / 変異: Q47L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: phbB, H16_A1439 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14697, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.6-1.2M sodium/potassium tartrate, 0.16-0.2M lithium sulfate, 0.1M CHES (pH 8.9-9.9). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 37627 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rsym value: 0.183
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 5945 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VZP

3vzp


解像度: 2→45.347 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8133 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 1879 5 %random
Rwork0.2353 ---
obs0.2369 37575 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.91 Å2 / Biso mean: 13.9521 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 0 407 4075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6115038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7981334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0003-2.05440.28381390.24872631277095
2.0544-2.11490.27371450.244727572902100
2.1149-2.18310.2461440.243127362880100
2.1831-2.26120.27131450.23827502895100
2.2612-2.35170.28231450.22627542899100
2.3517-2.45870.26241450.23927542899100
2.4587-2.58830.29831450.239527562901100
2.5883-2.75050.27081440.246327372881100
2.7505-2.96280.27951460.2427732919100
2.9628-3.26090.27721440.240927342878100
3.2609-3.73250.24941450.21722772291799
3.7325-4.70180.23411470.211227762923100
4.7018-45.35910.28591450.25722766291198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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