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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vyu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HypC-HypD-HypE complex (form II) | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / [NiFe] hydrogenase maturation / METAL BINDING PROTEIN-TRANSFERASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon dioxide binding / carbon monoxide binding / protein maturation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Watanabe, S. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Crystal structures of the HypCD complex and the HypCDE ternary complex: transient intermediate complexes during [NiFe] hydrogenase maturation 著者: Watanabe, S. / Matsumi, R. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vyu.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vyu.ent.gz | 115.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vyu_validation.pdf.gz | 469 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vyu_full_validation.pdf.gz | 491.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vyu_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vyu_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8133.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: Tk-hypC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41925.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: Tk-hypD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 35954.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: TK1993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII7 |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.1M Tris-HCl, 12-16%(w/v) PEG8000, 2% ethylene glycol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 21147 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 88.2 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 55.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Z1C, 2Z1D, 2Z1E 解像度: 2.75→36.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2651899.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 83.6684 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 111.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→36.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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