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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vwo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of peptidoglycan hydrolase mutant from Sphingomonas sp. A1 | ||||||
要素 | Peptidoglycan hydrolase FlgJ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / peptidoglycan hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amidase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / 代謝 / ペリプラズム 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å | ||||||
データ登録者 | Maruyama, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of peptidoglycan hydrolase mutant from Sphingomonas sp. A1 著者: Maruyama, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vwo.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vwo.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vwo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/3vwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/3vwo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zycS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17957.908 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 154-305 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア) 遺伝子: flgJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7XH69 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.0M NaCitrate, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 14387 / Num. obs: 14387 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 55.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 679 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2zyc 解像度: 1.802→26.4 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.772 Å2 / ksol: 0.421 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.802→26.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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