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- PDB-3vw5: Crystal structure of sugar epimerase from ruminal bacterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vw5
タイトルCrystal structure of sugar epimerase from ruminal bacterium
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / (alpha/alpha)6 barrel fold / Epimerase / Carbohydrate/Sugar Binding / Epimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellobiose 2-epimerase / Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus albus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fujiwara, T. / Saburi, W. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Ruminococcus albus cellobiose 2-epimerase: structural insights into epimerization of unmodified sugar
著者: Fujiwara, T. / Saburi, W. / Inoue, S. / Mori, H. / Matsui, H. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
B: Cellobiose 2-epimerase
C: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0883
ポリマ－136,0883
非ポリマー00
水2,810156
1
A: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3631
ポリマ－45,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3631
ポリマ－45,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3631
ポリマ－45,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.930, 100.880, 186.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase


分子量: 45362.727 Da / 分子数: 3 / 変異: G38E, P138L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruminococcus albus (バクテリア) / 株: NE1 / 遺伝子: CE / プラスミド: pET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A8CF79, UniProt: P0DKY4*PLUS, cellobiose epimerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: the rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45 Å / Num. obs: 57248 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 48.981 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0085 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8838 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(AutoMR: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
PHENIX(AutoMR: 1.7.1_743)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GT5

3gt5


解像度: 2.6→39.127 Å / SU ML: 0.63 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 21.82
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 2895 5.06 %RANDOM
Rwork0.1727 ---
obs0.1751 54296 98.53 %-
all-57191 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.384 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 4.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5115 Å2-0 Å20 Å2
2---9.0437 Å2-0 Å2
3---2.5322 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9588 0 0 156 9744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10313281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8643573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041719
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.64170.30931370.25752360236092
2.6417-2.68720.30231250.24792542254298
2.6872-2.73610.29291530.24052542254299
2.7361-2.78870.30071430.23492547254799
2.7887-2.84560.30911480.22072568256899
2.8456-2.90740.26881480.21282533253399
2.9074-2.97510.25711330.20632586258699
2.9751-3.04940.26691270.20382585258599
3.0494-3.13180.27431390.19652586258699
3.1318-3.2240.29141430.20532568256899
3.224-3.3280.25111310.18432578257899
3.328-3.44680.2071330.17212605260599
3.4468-3.58480.19771340.16232579257999
3.5848-3.74780.20681420.15692563256399
3.7478-3.94520.20611280.15722601260198
3.9452-4.19210.22321280.14922624262499
4.1921-4.51540.20711330.1372616261699
4.5154-4.96890.13881430.12422604260499
4.9689-5.68610.21451350.16142663266399
5.6861-7.15670.21671520.17892659265999
7.1567-39.13150.18181400.16652787278798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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