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- PDB-3vvr: Crystal structure of MATE in complex with MaD5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvr
タイトルCrystal structure of MATE in complex with MaD5
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • macrocyclic peptide
キーワードTRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / MATE / multidrug transporter / macrocyclic peptide / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性: / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4445
ポリマ－50,3752
非ポリマー1,0703
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.521, 59.599, 68.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter


分子量: 49276.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: タンパク質・ペプチド macrocyclic peptide / MaD5


分子量: 1098.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Selected by the RaPID system protocol
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / Mosaicity: 1.003 °
結晶化温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 7
詳細: 30% PEG 400, 100mM HEPES-NaOH, 100mM NaSCN, pH 7.0, lipdic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 12863 / Num. obs: 12863 / % possible obs: 99.08 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Χ2: 1.559 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.12.70.4217451.421188.3
3.1-3.172.80.3957870.939189.5
3.17-3.262.90.47620.964190.1
3.26-3.3630.3917640.966190.3
3.36-3.4630.3887851.119190.8
3.46-3.593.20.3597811.017191.8
3.59-3.733.30.3367931.09191.5
3.73-3.93.50.3158021.091193.5
3.9-4.113.80.2618131.13194.5
4.11-4.364.10.2148271.285194.4
4.36-4.73.80.1936791.276179.7
4.7-5.174.30.1788161.366193.9
5.17-5.923.90.2068391.467195.7
5.92-7.464.20.1828541.662196.9
7.46-504.90.0748891.788197.1
2.4081
1.9771
1.5541
1.7661
2.3631

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VVN

3vvn


解像度: 3→39.624 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7152 / SU ML: 1.05 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3087 1276 9.92 %RANDOM
Rwork0.2665 ---
all0.2707 12863 --
obs0.2707 12863 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.823 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.38 Å2 / Biso mean: 59.388 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.4118 Å20 Å212.0168 Å2
2---13.508 Å2-0 Å2
3----7.9037 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 49 8 3217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7264420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.551085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.12010.41121420.38031276141899
3.1201-3.26210.36951370.348412851422100
3.2621-3.4340.39041390.319312791418100
3.434-3.6490.32951420.28112791421100
3.649-3.93050.27961400.260812941434100
3.9305-4.32560.29151420.234112911433100
4.3256-4.95050.28381380.24961244138295
4.9505-6.23320.31511440.278413021446100
6.2332-39.62780.26751520.21781337148999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84780.27371.13641.64370.18290.0862-0.0373-0.0622-0.0539-0.63780.05660.1984-0.2053-0.18640.01330.19380.02750.0560.225-0.02910.135234.49860.715123.8152
20.7984-1.03590.46682.2211-0.00890.4681-0.04320.0154-0.04230.1170.1856-0.228-0.08110.09530.02260.1733-0.02410.02470.0948-0.00660.141340.31041.533131.47
31.0365-0.12490.11570.24740.16820.331-0.2099-0.0503-0.0659-0.17880.09880.23150.0037-0.144-0.02730.2012-0.06890.02120.2815-0.03850.336424.3369-6.906316.5833
41.4273-1.2135-0.69041.38811.1010.8945-0.05740.2929-0.2494-0.2644-0.13450.1440.2083-0.5327-0.00040.3425-0.0661-0.16410.5877-0.02340.420316.2375-8.464614.9416
50.00640.0140.00360.05780.04350.00810.05310.02430.00540.15350.3169-0.19470.46010.0484-0.00121.43220.24590.23160.8910.31981.053428.7024-3.644828.2392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:126)A4 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 127:235)A127 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 236:340)A236 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 341:454)A341 - 454
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN BB0 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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