PDB-3vvp: Crystal structure of MATE in complex with Br-NRF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vvp

タイトル

Crystal structure of MATE in complex with Br-NRF

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter / ligand-bound

機能・相同性

: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Chem-BNU / MATE family efflux transporter

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2012年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vvp.cif.gz	299.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vvp.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3vvp_validation.pdf.gz	714.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vvp_full_validation.pdf.gz	719.9 KB	表示
XML形式データ	3vvp_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	3vvp_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3vvnSC 3vvoC 3vvrC 3vvsC 3w4tC 3wbnC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tgq-1 2zba-3 5hiw-d 3o69-d 4x94-d 2yvm-1 3cy1-d 3e5j-d 3rwl-d 3vsd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

98.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.368, 122.368, 110.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter 分子量: 49276.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物	ChemComp-BNU / 6-bromo-1-ethyl-4-oxo-7-(piperazin-1-yl)-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / 1-エチル-4-オキソ-6-ブロモ-7-(1-ピペラジニル)-1,4-ジヒドロ-3-キノリンカルボン酸分子量: 380.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈BrN₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 % / Mosaicity: 0.608 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 8 詳細: 28% PEG 550MME, 100mM Tris-HCl, 100mM Li2SO4, pH 8.0, lipdic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 0.91 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月16日

放射

モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 20596 / Num. obs: 20596 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 0.291 / Χ²: 2.533 / Net I/σ(I): 3.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.9-2.95	20.7	988	1.913	1	100
2.95-3	21.1	1040	1.945	1	100
3-3.06	21.2	1027	1.954	1	100
3.06-3.12	21.2	1024	1.975	1	100
3.12-3.19	21.3	1018	2.033	1	100
3.19-3.27	21.5	1042	2.085	1	100
3.27-3.35	21.4	1033	2.134	1	100
3.35-3.44	21.5	1008	2.189	1	100	0.965
3.44-3.54	21.5	1027	2.239	1	100	0.912
3.54-3.65	21.6	1035	2.352	1	99.9	0.741
3.65-3.78	21.6	1032	2.562	1	100	0.56
3.78-3.94	21.6	1030	2.653	1	100	0.496
3.94-4.11	21.6	1018	2.836	1	100	0.379
4.11-4.33	21.5	1032	3.07	1	99.9	0.305
4.33-4.6	15	1019	3.684	1	99.8	0.239
4.6-4.96	21.7	1045	3.18	1	100	0.237
4.96-5.46	21.8	1032	2.823	1	100	0.261
5.46-6.24	21.7	1033	2.639	1	100	0.29
6.24-7.86	21.3	1053	3.116	1	100	0.166
7.86-50	20.3	1060	3.549	1	99.3	0.085

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VVN

3vvn

解像度: 2.91→48.951 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7121 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3264	1987	9.65 %	RANDOM
R_work	0.2848	-	-	-
all	0.2888	20588	-	-
obs	0.2888	20588	99.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 468.64 Å² / B_iso mean: 51.6823 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→48.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5752	0	23	14	5789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.697	8025
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.268	1871

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9105-2.9832	0.3893	131	0.321	1266	1397	94
2.9832-3.0639	0.4005	141	0.3017	1328	1469	100
3.0639-3.154	0.3337	138	0.3179	1324	1462	100
3.154-3.2558	0.3564	141	0.3092	1301	1442	100
3.2558-3.3721	0.3512	146	0.3063	1342	1488	100
3.3721-3.5071	0.3278	147	0.2858	1330	1477	100
3.5071-3.6667	0.3493	141	0.2872	1322	1463	100
3.6667-3.8599	0.326	146	0.2715	1327	1473	100
3.8599-4.1016	0.345	141	0.2709	1335	1476	100
4.1016-4.4181	0.3057	142	0.2563	1340	1482	100
4.4181-4.8624	0.3097	140	0.2852	1334	1474	100
4.8624-5.5652	0.3541	145	0.2913	1347	1492	100
5.5652-7.0082	0.3168	142	0.3086	1339	1481	100
7.0082-48.958	0.2856	146	0.2709	1366	1512	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.28	-0.2235	1.0832	0.3691	-0.1527	0.6027	0.0993	-0.1059	-0.0212	0.0918	-0.0462	0.0597	0.0561	0.0073	-0.0127	0.2476	0.008	0.0346	0.2781	-0.0555	0.3083	-117.0462	51.5566	3.9761
2	0.8823	0.0952	0.06	1.1459	-0.2966	0.2356	0.1588	-0.2513	-0.0911	-0.0928	0.0489	0.2682	0.2564	0.5457	-0.0068	0.253	0.1083	-0.0376	0.5086	-0.0507	0.3719	-127.3768	52.2252	4.113
3	0.2132	-0.0201	-0.0662	1.1178	1.2502	1.3519	0.1324	-0.1562	-0.1427	0.1225	-0.1367	-0.4258	-0.1395	-0.0175	-0.0784	0.3847	0.0469	-0.2895	0.2402	0.5281	0.7599	-104.6372	48.3112	-1.208
4	0.8876	-0.6157	-0.2283	0.338	-0.1591	1.5285	-0.1422	-0.1038	-0.0357	0.0073	0.1066	0.0316	0.3879	0.028	0.022	0.3325	0.0286	-0.0433	0.2901	0.0056	0.32	-106.1874	34.2266	1.2286
5	1.0568	-0.3189	0.722	0.8174	0.0222	1.7664	-0.5022	0.239	0.1845	-0.0617	-0.2409	0.4311	-0.579	0.0963	-0.3194	0.5893	0.4004	-0.3189	0.5981	-0.0669	0.211	-97.4312	33.2306	4.026
6	0.6306	0.4637	0.1814	0.3308	0.2459	0.2001	0.0531	0.1323	-0.0353	0.1159	0.179	0.1849	-0.4596	0.5435	-0.0225	0.4745	-0.0152	0.0249	0.364	0.0027	0.3021	-131.7958	44.1433	55.1999
7	2.556	-0.2197	0.1715	1.5385	-0.7276	1.8941	-0.0606	0.6233	-0.0965	-0.1459	0.3595	0.0846	0.1526	-0.7112	0.0262	0.4065	-0.0608	0.0284	0.4162	-0.0607	0.6356	-136.5059	59.1996	46.7171
8	0.3002	-0.1429	0.2613	0.4072	0.4548	1.2319	-0.0459	-0.4376	0.7989	-0.0534	0.2557	0.0394	-0.1429	0.0294	0.2715	0.1135	-0.0762	-0.1929	0.6597	-0.3471	0.8627	-132.0136	57.5946	62.8404
9	0.7729	-0.0573	0.0052	1.7132	0.6604	0.4639	-0.2361	0.198	-0.1362	0.2476	0.369	-0.7291	-0.1786	0.6162	0.0823	0.4491	-0.0061	0.1092	0.5224	0.0956	0.4646	-123.3569	52.3701	52.4704
10	0.9929	0.645	-1.3243	0.469	-0.2658	4.3033	-0.4265	-0.4452	-0.2179	0.0674	-0.4655	-0.0444	0.4521	-0.0337	-0.1768	0.1222	0.1468	-0.0237	0.6544	-0.0833	0.5335	-144.6812	46.2805	59.4681
11	0.7357	0.1096	-0.082	0.1871	-0.0381	0.0096	0.0826	-0.405	-0.6	0.1604	0.1484	0.0281	0.081	0.2868	0.1146	-0.0999	-0.3747	-0.1972	0.7085	-0.0665	0.5033	-137.0694	35.2879	57.1243
12	1.8672	0.4652	0.48	1.1048	-0.0521	3.1352	0.1806	0.2883	-0.459	0.1971	0.1228	0.0568	0.0855	-0.2474	-0.1298	0.4653	-0.0223	-0.0341	0.3528	0.0796	0.525	-138.1871	25.704	54.0411
13	1.5271	0.8258	-1.2115	0.8195	-0.3681	1.6414	-0.1508	0.1881	-0.191	-0.9699	-0.5716	-0.3546	-0.4345	0.786	0.0615	0.5983	0.0012	-0.1274	0.4644	0.1483	0.4816	-147.0366	38.2995	52.2522
14	1.5074	0.0682	0.2353	1.9016	0.3887	2.6702	0.4282	-0.5804	-0.0727	-0.0779	0.6878	0.4452	1.096	-0.6989	-0.0666	0.4361	0.0621	-0.0378	0.7061	0.1871	0.3977	-151.0622	30.0377	73.1107
15	2.8941	0.4064	-0.4778	1.2764	0.4589	0.3008	-0.2621	0.2029	0.0992	0.8191	0.2936	0.2119	-0.0662	0.324	0.148	0.7033	-0.0913	0.0204	0.3828	0.0967	0.2796	-149.0949	28.8511	58.9043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:165)	A	4 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 166:235)	A	166 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 236:269)	A	236 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 270:422)	A	270 - 422
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 423:453)	A	423 - 453
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 4:86)	B	4 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 87:115)	B	87 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 116:161)	B	116 - 161
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 162:235)	B	162 - 235
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 236:269)	B	236 - 269
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 270:312)	B	270 - 312
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 313:375)	B	313 - 375
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 376:403)	B	376 - 403
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 404:422)	B	404 - 422
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 423:447)	B	423 - 447

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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