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- PDB-3vul: Crystal structure of a cysteine-deficient mutant M1 in MAP kinase JNK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vul
タイトルCrystal structure of a cysteine-deficient mutant M1 in MAP kinase JNK1
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 8
  • Peptide from C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSCRIPTION / phosphorylation / ATP Binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / positive regulation of cyclase activity / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / histone deacetylase regulator activity / mitogen-activated protein kinase kinase binding / NRAGE signals death through JNK / cellular response to stress / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / dendritic growth cone / positive regulation of protein metabolic process / JUN kinase activity / kinesin binding / peptidyl-threonine phosphorylation / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to mechanical stimulus / axonal growth cone / response to UV / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / vesicle-mediated transport / negative regulation of protein binding / JNK cascade / cellular response to amino acid starvation / NRIF signals cell death from the nucleus / protein serine/threonine kinase binding / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / regulation of circadian rhythm / mitochondrial membrane / cellular response to mechanical stimulus / histone deacetylase binding / peptidyl-serine phosphorylation / rhythmic process / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / MAPK cascade / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress-activated protein kinase JNK / Mitogen-activated protein kinase 8 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Nakaniwa, T. / Kinoshita, T. / Inoue, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Seven cysteine-deficient mutants depict the interplay between thermal and chemical stabilities of individual cysteine residues in mitogen-activated protein kinase c-Jun N-terminal kinase 1
著者: Nakaniwa, T. / Fukada, H. / Inoue, T. / Gouda, M. / Nakai, R. / Kirii, Y. / Adachi, M. / Tamada, T. / Segawa, S. / Kuroki, R. / Tada, T. / Kinoshita, T.
履歴
登録2012年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
F: Peptide from C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9872
ポリマ－43,9872
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.781, 161.781, 87.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / Mitogen-activated protein kinase 8 isoform JNK1 beta2 / Mitogen-activated protein kinase 8 / ...Mitogen-activated protein kinase 8 isoform JNK1 beta2 / Mitogen-activated protein kinase 8 / isoform CRA_d / cDNA FLJ77387 / highly similar to Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 8 (MAPK8) / transcript variant 4 / mRNA


分子量: 42641.078 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, UNP residues 1-364 / 変異: C245S, C116S, C163A, C79V, C137V, C213V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A1L4K2, UniProt: P45983*PLUS, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQF2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16976 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→33.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 15.437 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31501 853 5.1 %RANDOM
Rwork0.24866 ---
obs0.25207 15954 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→33.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 0 37 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9713953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2965351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.82424.519135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.85215534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0191.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93422876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21731151
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8574.51077
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.805→2.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 64 -
Rwork0.309 1124 -
obs--97.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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