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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vua | ||||||
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タイトル | Apo IsdH-NEAT3 in space group P3121 at a resolution of 1.85 A | ||||||
![]() | Iron-regulated surface determinant protein H | ||||||
![]() | HEME-BINDING PROTEIN / NEAT domain / Heme binding / Heme transport / Apo form / Cell wall | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vu, N.T. / Caaveiro, J.M.M. / Moriwaki, Y. / Tsumoto, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of heme transport protein IsdH-NEAT3 from S. aureus in complex with Indium-porphyrin 著者: Vu, N.T. / Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K. #1: ![]() タイトル: Molecular basis of recognition of antibacterial porphyrins by heme-transporter IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus 著者: Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M.M. / Tanaka, Y. / Tsutsumi, H. / Hamachi, I. / Tsumoto, K. #2: ![]() タイトル: Structural basis for multimeric heme complexation through a specific protein-heme interaction: the case of the third neat domain of IsdH from Staphylococcus aureus 著者: Watanabe, M. / Tanaka, Y. / Suenaga, A. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, N. / Arisaka, F. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 513.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2e7dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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7 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14437.006 Da / 分子数: 6 / 断片: NEAT domain, UNP RESIDUES 539-664 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Mu50/ATCC 700699 / 遺伝子: harA, isdH, IsdH-NEAT3, sasI, SAV1731 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 % / Mosaicity: 0.78 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.8-2.1M Ammonium sulphate, 80mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→109.71 Å / Num. all: 92004 / Num. obs: 92004 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2E7D 解像度: 1.85→36.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2056 / WRfactor Rwork: 0.1724 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8824 / SU B: 5.046 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1086 / SU Rfree: 0.1077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.85 Å2 / Biso mean: 32.8043 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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