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万見
- PDB-3vrm: Structure of cytochrome P450 Vdh mutant T107A with bound vitamin D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vrm
タイトルStructure of cytochrome P450 Vdh mutant T107A with bound vitamin D3
要素Vitamin D(3) 25-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / VITAMIN D3 / MONOOXYGENASE / P450 fold / Hemoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cholestanetriol 26-monooxygenase / cholestanetetraol 26-dehydrogenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-VD3 / Vitamin D(3) 25-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Nishioka, T. / Yasutake, Y. / Tamura, T.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: A single mutation at the ferredoxin binding site of p450 vdh enables efficient biocatalytic production of 25-hydroxyvitamin d3.
著者: Yasutake, Y. / Nishioka, T. / Imoto, N. / Tamura, T.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4593
ポリマ－45,4581
非ポリマー1,0012
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.421, 105.521, 141.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D(3) 25-hydroxylase / Cytochrome P450


分子量: 45457.578 Da / 分子数: 1 / 変異: T107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
株: NBRC 12743 / 遺伝子: vdh / プラスミド: PET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4B644, EC: 1.14.13.15
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-VD3 / (1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3AR,7AS)-7A-METHYL-1-[(2R)-6-METHYLHEPTAN-2-YL]-2,3,3A,5,6,7-HEXAHYDRO-1H-INDEN-4-YLIDENE]ETHYLI DENE]-4-METHYLIDENE-CYCLOHEXAN-1-OL / VITAMIN D3


分子量: 384.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 21% PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M bis-tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 14156 / % possible obs: 98.6 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.57→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 4213 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A50

3a50


解像度: 2.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 23.368 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.807 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 741 5 %RANDOM
Rwork0.18681 ---
obs0.18906 14156 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.43 Å2-0 Å20 Å2
2--6.74 Å2-0 Å2
3----3.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 71 36 3212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9342.0254485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.6523.217143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.22615519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4731532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.569→2.636 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 33 -
Rwork0.305 805 -
obs--83.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.2528 Å / Origin y: 24.5383 Å / Origin z: 17.9473 Å
111213212223313233
T0.0779 Å2-0.0087 Å2-0.0003 Å2-0.1908 Å20.0163 Å2--0.0462 Å2
L4.7688 °20.3654 °22.6227 °2-1.4214 °20.5316 °2--4.1456 °2
S0.0198 Å °-0.5803 Å °-0.0278 Å °0.2973 Å °0.021 Å °0.0805 Å °-0.0239 Å °-0.2321 Å °-0.0408 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1A101 - 239
3X-RAY DIFFRACTION1A240 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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