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- PDB-3vqs: Crystal structure of HCV NS5B RNA polymerase with a novel piperaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vqs
タイトルCrystal structure of HCV NS5B RNA polymerase with a novel piperazine inhibitor
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RNA-dependent RNA polymerase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / serine-type peptidase activity / SH3 domain binding ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / serine-type peptidase activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JT1 / RNA-directed RNA polymerase / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Adachi, T. / Doi, S. / Ando, I. / Sugimoto, K. / Orita, T. / Nomura, A. / Kamada, M.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Preclinical Characterization of JTK-853, a Novel Nonnucleoside Inhibitor of the Hepatitis C Virus RNA-Dependent RNA Polymerase.
著者: Ando, I. / Adachi, T. / Ogura, N. / Toyonaga, Y. / Sugimoto, K. / Abe, H. / Kamada, M. / Noguchi, T.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
C: RNA-directed RNA polymerase
D: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,88010
ポリマ－256,9904
非ポリマー2,8896
水26,3921465
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9522
ポリマ－64,2481
非ポリマー7051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9883
ポリマ－64,2481
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9883
ポリマ－64,2481
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9522
ポリマ－64,2481
非ポリマー7051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.120, 101.180, 250.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase / NS5B polymerase


分子量: 64247.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: BK / 遺伝子: genotype 1b / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0PY27, UniProt: P26663*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-JT1 / (2R)-4-(5-cyclopropyl[1,3]thiazolo[4,5-d]pyrimidin-2-yl)-N-[3-fluoro-4-(trifluoromethoxy)benzyl]-1-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]sulfonyl}piperazine-2-carboxamide / (R)-4-(5-シクロプロピルチアゾロ[4,5-d]ピリミジン-2-イル)-N-(3-フルオロ-4-トリフルオロメト(以下略)


分子量: 704.639 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H23F7N6O4S2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Acetate, 14% PEG 4000, 0.3M NaCl, 5mM 2-mercaptoehanol, 2.4mM n-octanoylsucrose, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→125 Å / Num. all: 201963 / Num. obs: 201963 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.957.50.4510.3892110910148230.1640.4510.3895100
1.95-27.50.360.3092.5107692143750.1310.360.3096.2100
2-2.067.50.2870.2473.1105550140650.1040.2870.2477.6100
2.06-2.127.50.230.1983.9102122136010.0840.230.1989.4100
2.12-2.197.50.1830.1584.899855132730.0670.1830.15811.5100
2.19-2.277.50.1490.1285.995936127510.0540.1490.12813.7100
2.27-2.367.50.1240.1076.993457124160.0450.1240.10715.9100
2.36-2.457.50.1030.0898.189734118990.0380.1030.08918.7100
2.45-2.567.50.090.078985912113870.0330.090.07820.9100
2.56-2.697.50.0750.06510.582842109870.0270.0750.06524.3100
2.69-2.837.50.0640.05611.878508104150.0230.0640.05627.3100
2.83-37.50.0570.04912.87454798860.0210.0570.04929.9100
3-3.217.50.0510.04513.67007692970.0190.0510.04532.6100
3.21-3.477.50.0470.041146557687100.0170.0470.04135.3100
3.47-3.87.50.0450.03914.55999379910.0160.0450.03937.2100
3.8-4.257.50.0440.03814.25453972880.0160.0440.03838.4100
4.25-4.917.40.0450.03913.44811564610.0160.0450.03939100
4.91-6.017.40.0460.0413.34062955060.0170.0460.0438.7100
6.01-8.57.20.0470.04112.43132243280.0170.0470.04138.4100
8.5-93.7936.70.0530.04510.21665825040.020.0530.04536.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→93.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2184 / WRfactor Rwork: 0.1814 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.8748 / SU B: 6.853 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1356 / SU Rfree: 0.1259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 10169 5 %RANDOM
Rwork0.1698 ---
all0.1715 201963 --
obs0.1715 201845 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.16 Å2 / Biso mean: 39.7716 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→93.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17244 0 190 1465 18899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01918449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.97725202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54752363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48823.13738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.087153126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.32115140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.22834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113998
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 771 -
Rwork0.223 14046 -
all-14817 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.638-0.04680.16410.04790.00340.35210.0596-0.0669-0.0258-0.0146-0.00930.05550.06660.0488-0.05030.24470.0028-0.0170.1685-0.00090.083151.51325.56746.478
20.4287-0.14220.11890.06190.01820.52010.116-0.033-0.0786-0.0353-0.01230.02270.03490.0407-0.10370.2608-0.025-0.05880.14830.02580.076-0.51978.44346.552
30.0806-0.0943-0.06960.6402-0.13330.3246-0.0131-0.0429-0.0389-0.09540.09660.1063-0.038-0.0113-0.08340.2904-0.0318-0.0370.11560.05730.094351.02974.90616.118
40.1235-0.1291-0.09820.4325-0.1810.36380.0025-0.0178-0.0138-0.05520.02150.0326-0.0044-0.0018-0.0240.2866-0.0129-0.00420.11210.02330.07122.21426.68716.068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 553
2X-RAY DIFFRACTION1A1000
3X-RAY DIFFRACTION1A3001 - 3367
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 557
5X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602
6X-RAY DIFFRACTION2B3001 - 3374
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 556
8X-RAY DIFFRACTION3C601 - 602
9X-RAY DIFFRACTION3C3001 - 3336
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 553
11X-RAY DIFFRACTION4D1000
12X-RAY DIFFRACTION4D3001 - 3388

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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