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- PDB-3vpj: crystal structure of type VI effector Tse1 from Pseudomonas aerug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpj
タイトルcrystal structure of type VI effector Tse1 from Pseudomonas aeruginosa in complex with immune protein Tsi1
要素
  • Tse1-specific immunity protein
  • type VI secretion exported 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #650 / : / : / Immune protein Tsi1 / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lipocalin / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel ...Lipocalin - #650 / : / : / Immune protein Tsi1 / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lipocalin / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immune protein Tsi1 / Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, W. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the Pseudomonas aeruginosa type VI virulence effector Tse1 bacteriolysis and self-protection mechanisms
著者: Ding, J. / Wang, W. / Feng, H. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
履歴
登録2012年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: type VI secretion exported 1
B: type VI secretion exported 1
E: Tse1-specific immunity protein
F: Tse1-specific immunity protein
C: type VI secretion exported 1
D: type VI secretion exported 1
G: Tse1-specific immunity protein
H: Tse1-specific immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3188
ポリマ－158,3188
非ポリマー00
水6,143341
1
A: type VI secretion exported 1
E: Tse1-specific immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5792
ポリマ－39,5792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
2
B: type VI secretion exported 1
F: Tse1-specific immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5792
ポリマ－39,5792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
3
C: type VI secretion exported 1
G: Tse1-specific immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5792
ポリマ－39,5792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
4
D: type VI secretion exported 1
H: Tse1-specific immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5792
ポリマ－39,5792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.000, 97.000, 292.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
type VI secretion exported 1


分子量: 18630.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: タンパク質
Tse1-specific immunity protein


分子量: 20949.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA1845 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2Q0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 20% PEG 4000, 20% isopropanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→63.61 Å / Num. all: 56237 / Num. obs: 56166 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 56.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 8041 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.97 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8012 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 2818 5.08 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2095 55504 98.7 %-
all-56166 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.518 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.58 Å2 / Biso mean: 52.87 Å2 / Biso min: 18.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8463 Å20 Å2-0 Å2
2--2.8463 Å20 Å2
3----5.6927 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8904 0 0 341 9245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05912295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3693308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.54310.31981310.2736254495
2.5431-2.58940.32921310.2826248696
2.5894-2.63920.40391330.2828253297
2.6392-2.6930.32311450.2819256497
2.693-2.75160.40291370.2813254798
2.7516-2.81560.32571250.2637260599
2.8156-2.8860.34081260.2583259798
2.886-2.9640.28811490.2579258299
2.964-3.05120.36741580.2483262599
3.0512-3.14970.26831410.2507262899
3.1497-3.26220.29891430.242611100
3.2622-3.39280.28451480.2434263299
3.3928-3.54720.29281380.22082657100
3.5472-3.73410.27471440.2112693100
3.7341-3.9680.24721520.19322634100
3.968-4.27420.22591460.17122691100
4.2742-4.70390.18111420.1472685100
4.7039-5.38380.1971430.1522742100
5.3838-6.780.2441400.19782746100
6.78-47.97870.18551460.1764288599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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