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- PDB-3vp9: Crystal structure of the N-terminal domain of the yeast general c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vp9
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the yeast general corepressor Tup1p mutant
要素General transcriptional corepressor TUP1
キーワードTRANSCRIPTION / Four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dipeptide transport / carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of fatty acid biosynthetic process / mediator complex binding / hyperosmotic response / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / transcription repressor complex / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle ...negative regulation of dipeptide transport / carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of fatty acid biosynthetic process / mediator complex binding / hyperosmotic response / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / transcription repressor complex / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcriptional repressor Tup1, N-terminal / Tup N-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...Transcriptional repressor Tup1, N-terminal / Tup N-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / General transcriptional corepressor TUP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Matsumura, H. / Kusaka, N. / Nakamura, T. / Tanaka, N. / Sagegami, K. / Uegaki, K. / Inoue, T. / Mukai, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the yeast general corepressor Tup1p and its functional implications
著者: Matsumura, H. / Kusaka, N. / Nakamura, T. / Tanaka, N. / Sagegami, K. / Uegaki, K. / Inoue, T. / Mukai, Y.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcriptional corepressor TUP1
B: General transcriptional corepressor TUP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5256
ポリマ－22,1732
非ポリマー3524
水3,135174
1
A: General transcriptional corepressor TUP1
B: General transcriptional corepressor TUP1
ヘテロ分子

A: General transcriptional corepressor TUP1
B: General transcriptional corepressor TUP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,05112
ポリマ－44,3464
非ポリマー7058
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.102, 41.461, 103.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-227-

HOH

21A-231-

HOH

31A-247-

HOH

41B-259-

HOH

51B-263-

HOH

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要素

#1: タンパク質 General transcriptional corepressor TUP1 / Flocculation suppressor protein / Glucose repression regulatory protein TUP1 / Repressor AER2


分子量: 11086.417 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 変異: L62R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TUP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16649
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 14%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1M MES monohydrate, 1.6M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→409 Å / Num. all: 20399 / Num. obs: 20399 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.799→33.292 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8165 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 941 4.84 %
Rwork0.2203 --
obs0.222 19436 87.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.794 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.04 Å2 / Biso mean: 45.7701 Å2 / Biso min: 14.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9989 Å2-0 Å29.9669 Å2
2---5.4813 Å2-0 Å2
3---12.4802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→33.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1269 0 24 174 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0711738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.874518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7993-1.89410.2731230.23772383250679
1.8941-2.01280.24611080.22552569267785
2.0128-2.16820.21051270.19972743287090
2.1682-2.38630.23721500.18742691284190
2.3863-2.73150.26981450.20792738288390
2.7315-3.44080.24251570.21332724288190
3.4408-33.29770.28371310.24232647277885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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