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- PDB-3vop: Structure of Vaccinia virus A27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vop
タイトルStructure of Vaccinia virus A27
要素Protein A27
キーワードVIRAL PROTEIN / Vaccinia virus / virus fusion protein / virus envelope protein / coiled-coil protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope
類似検索 - 分子機能
Chordopoxvirus fusion protein/multifunctional envelope protein A27 / Chordopoxvirus multifunctional envelope protein A27 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein OPG154
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, T.H. / Ko, T.P. / Hsieh, F.L. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of vaccinia viral A27 protein reveals a novel structure critical for its function and complex formation with A26 protein.
著者: Chang, T.H. / Chang, S.J. / Hsieh, F.L. / Ko, T.P. / Lin, C.T. / Ho, M.R. / Wang, I. / Hsu, S.T. / Guo, R.T. / Chang, W. / Wang, A.H.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein A27
B: Protein A27
C: Protein A27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,24912
ポリマ－22,2943
非ポリマー9559
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.190, 79.190, 90.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Protein A27


分子量: 7431.390 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 21-84 / 変異: C51A, C52A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: A27, A27L, VACWR150 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P11258
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 % / Mosaicity: 0.703 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M phosphate-citrate, pH 4.5, 0.2M NaCl, 45-50% PEG 200, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL12B211
シンクロトロンNSRRC BL13B121.25516, 1.25450
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2007年7月13日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年7月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Horizontally Focusing Single Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Horizontally Focusing Single Crystal MonochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.255161
31.25451
Reflection冗長度: 18.1 % / Av σ(I) over netI: 46.18 / 数: 163881 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.16 / D res high: 2.62 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 9074 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.633099.210.0731.21116
4.485.6310010.0381.09517.4
3.914.4899.910.0341.17418
3.553.9110010.0491.28918.2
3.33.5510010.0861.27718.5
3.113.310010.1651.17818.5
2.953.1110010.2181.10918.6
2.822.9510010.2851.0818.8
2.712.8210010.4511.09618.5
2.622.7110010.6431.09218.5
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 15108 / Num. obs: 15074 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.295 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.289.50.5514691.5791,2100
2.28-2.379.60.42514711.5361,2100
2.37-2.489.60.30714961.5181,2100
2.48-2.619.50.22614861.4851,2100
2.61-2.779.50.14714951.251,2100
2.77-2.999.50.08914941.181,2100
2.99-3.299.50.06515201.0361,2100
3.29-3.769.40.03515281.0971,299.7
3.76-4.739.10.02615161.1481,298.3
4.73-308.30.02415991.1131,295.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.779 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2721 760 5 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.2123 14299 99.33 %-
all-15074 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.28 Å2 / Biso mean: 56.506 Å2 / Biso min: 14.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 63 130 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6522.0351432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.4825.78957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.52815235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.181159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9331.5615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80421002
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0893478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4654.5430
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 66 -
Rwork0.214 1022 -
all-1088 -
obs-1469 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4859-10.1235-2.559817.28674.45411.3795-0.1602-0.44921.17-0.0190.495-0.88-0.26010.1048-0.33480.19030.06370.00590.1647-0.07610.3067-3.50752.6522.286
27.9812-11.6619-1.008524.47932.60542.25480.30210.12330.1397-0.869-0.10860.1398-0.2526-0.4276-0.19340.06620.0785-0.0110.24360.02490.0716-9.33246.56718.677
314.4098-16.95486.373721.1182-8.76853.4452-0.0177-0.1772-0.1736-0.1692-0.0357-0.05690.1650.06790.05340.20220.1106-0.020.1241-0.03420.1343-25.32465.52924.797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2B25 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3C22 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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