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- PDB-3vok: X-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Apo Form with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vok
タイトルX-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Apo Form with the Target DNA.
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*T)-3'
  • Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / heme / sensor protein / TetR superfamily / DNA-binding complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Transcriptional Regulation of Heme Homeostasis in Lactococcus lactis.
著者: Sawai, H. / Yamanaka, M. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.
履歴
登録2012年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
U: 5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3612
ポリマ－27,3612
非ポリマー00
水1,45981
1
A: Transcriptional regulator
U: 5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*T)-3'

A: Transcriptional regulator
U: 5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7214
ポリマ－54,7214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
Buried area6460 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.870, 97.870, 108.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 22776.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: IL1403 / 遺伝子: L53789, LL0661, ygfC / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CHR1
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*T)-3'


分子量: 4583.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN U HAS MICROHETEROGENEITY AT POSITION 8(DT/DA)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1.2M sodium citrate, 0.1M PIPES, pH 7.3, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月23日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 999.0 sec, detector distance 179.58 mm
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.079 / 数: 458505
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 21224 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 41.584
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 6.622 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 458505

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.87 Å
Translation2.5 Å23.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QPI

1qpi


解像度: 2→23.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8432 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHTOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1070 5.15 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2037 20763 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.995 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.09 Å2 / Biso mean: 47.2483 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4737 Å20 Å2-0 Å2
2--2.4737 Å20 Å2
3----4.9474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 325 0 81 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1062671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.349738
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9992-2.09010.22141220.18892335245794
2.0901-2.20020.22821340.19512333246795
2.2002-2.3380.25841380.20072398253696
2.338-2.51830.28111310.22182440257198
2.5183-2.77140.28371230.23352464258798
2.7714-3.17160.28951590.22162481264099
3.1716-3.99290.22081320.18972556268899
3.9929-23.87190.20081310.19152686281798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32240.3115-0.04490.75630.25820.23150.1106-0.16120.00180.11160.0090.06680.04620.0992-0.04240.4642-0.1201-0.10240.3592-0.0290.322334.376647.98284.1551
20.00110.00960.00090.11810.01170.0032-0.06240.03210.0228-0.05360.01780.0316-0.0371-0.01310.01850.5527-0.1488-0.15640.33190.09090.369226.680549.5298-11.0317
30.1450.0460.03180.06580.03080.0816-0.03890.03230.0381-0.06290.0362-0.04290.00440.08690.01130.4302-0.1477-0.12340.27030.0380.349134.556148.0849-3.0229
40.58270.2273-0.00220.1904-0.19390.39660.0531-0.1725-0.13930.2587-0.040.0005-0.0909-0.0357-0.02080.28460.0095-0.00170.1955-0.01560.224615.837622.7628-1.8844
50.11450.08210.03880.11310.09270.0901-0.0317-0.02150.03670.1172-0.05660.0115-0.0527-0.01550.03680.4147-0.0937-0.06570.244-0.02020.328918.149240.3027-4.0382
60.0473-0.01010.08740.08180.03410.2134-0.05920.0942-0.0392-0.06760.0615-0.0104-0.19340.07250.01090.4178-0.0766-0.08760.5333-0.00910.313929.658134.2016-14.1192
70.49920.15990.07410.04990.03770.544-0.01760.0391-0.0294-0.0429-0.0112-0.0748-0.11830.14510.02560.16920.0105-0.02540.18170.01370.213615.549429.3675-13.4047
80.3351-0.1662-0.03110.1143-0.00480.1511-0.0397-0.0319-0.01680.03860.03130.1028-0.0907-0.14140.02550.2050.0607-0.00380.2236-0.02220.26335.495428.4442-9.827
90.0616-0.0040.00330.0139-0.00760.0841-0.029-0.0390.10380.0163-0.0035-0.0494-0.0081-0.01780.02240.16690.0163-0.05050.19010.02690.26071.233613.9852-22.5451
100.049-0.07910.01020.141-0.05580.22770.1689-0.00610.0238-0.01130.2342-0.0262-0.02950.08080.39370.6523-0.172-0.6310.4340.20250.178236.748664.6365-18.1634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:27)A2 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 28:34)A28 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 35:70)A35 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 71:99)A71 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 100:113)A100 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 114:138)A114 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 139:157)A139 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 158:178)A158 - 178
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 179:189)A179 - 189
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN UU1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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