PDB-3voe: Crystal Structure of wild type MarR (apo form) from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3voe

タイトル

Crystal Structure of wild type MarR (apo form) from E.coli

要素

Multiple antibiotic resistance protein marR

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix DNA binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / response to stress / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lou, H. / Zhu, R. / Hao, Z.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: MarR structures
著者: Lou, H. / Zhu, R. / Hao, Z.

履歴

登録	2012年1月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3voe.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3voe.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3voe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3voe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3voe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vod
類似構造データ	3vod-d 3pyz-d 5yez-1 5vvh-3 3bja-1 5iqi-4 6l33-2 2xgx-d 1jgs-1 6cgd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Multiple antibiotic resistance protein marR

B: Multiple antibiotic resistance protein marR

32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.960, 61.960, 131.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 11 - 144 / Label seq-ID: 11 - 144

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Multiple antibiotic resistance protein marR 分子量: 16087.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1530, cfxB, inaR, JW5248, marR, soxQ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27245

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 % / Mosaicity: 1.32 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.03M Citric Acid, 0.07M BIS-TRIS, pH7.6, 18-20% PEG 3350,0.3M NaCl, 10mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å

検出器

日付: 2011年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→56.068 Å / Num. all: 8461 / Num. obs: 8461 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.74	8.1	0.688	0.644	1.2	9690	1193	0.239	0.688	0.644	2.7	100
2.74-2.91	8	0.467	0.437	1.8	9078	1128	0.163	0.467	0.437	4.1	100
2.91-3.11	8	0.262	0.244	3.2	8608	1080	0.092	0.262	0.244	7.1	100
3.11-3.36	7.9	0.136	0.127	6.1	7888	998	0.048	0.136	0.127	12.8	100
3.36-3.68	7.8	0.088	0.083	8.9	7339	942	0.031	0.088	0.083	18.7	100
3.68-4.11	7.8	0.062	0.058	12.4	6561	843	0.022	0.062	0.058	24.2	100
4.11-4.75	7.9	0.05	0.047	11.5	6072	765	0.018	0.05	0.047	31.4	100
4.75-5.81	7.9	0.084	0.079	7.6	5210	662	0.029	0.084	0.079	29.4	100
5.81-8.22	7.6	0.035	0.032	18.7	4007	529	0.012	0.035	0.032	29.6	100
8.22-35.828	6.6	0.023	0.021	27.7	2115	321	0.009	0.023	0.021	37.4	97.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.08 Å
Translation	3 Å	29.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / WR_factor R_free: 0.2902 / WR_factor R_work: 0.2413 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7514 / SU B: 39.26 / SU ML: 0.358 / SU R Cruickshank DPI: 0.3463 / SU R_free: 0.4126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2902	823	9.8 %	RANDOM
R_work	0.2413	-	-	-
obs	0.246	8400	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.16 Å² / B_iso mean: 69.5021 Å² / B_iso min: 32.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2110	0	0	0	2110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.525	2.01	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.805	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.794	24.815	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.061	15	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.674	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1516

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1042 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
MEDIUM THERMAL	9.49	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.479	49	-
R_work	0.369	458	-
all	-	507	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9682	-4.1582	-1.0338	5.4024	2.9086	3.4791	0.0032	-0.4844	-0.7683	0.0612	0.1199	0.6079	0.1845	-0.5707	-0.1231	0.2819	-0.0437	0.0063	0.3077	0.1187	0.2695	-19.5836	-2.0969	-11.7303
2	3.2224	-0.409	-0.611	2.0414	-1.5623	3.1802	-0.058	0.0547	0.1902	-0.0052	-0.1163	-0.4419	0.2276	-0.0525	0.1743	0.2684	0.0117	0.0157	0.2304	0.0058	0.2019	-32.9651	14.0244	-14.3029
3	2.57	-0.0123	-0.2123	0.7332	-1.5481	3.3541	-0.1832	-0.0443	0.0067	0.0677	0.21	-0.0098	-0.1535	-0.5072	-0.0268	0.2653	-0.0041	-0.026	0.3164	0.0338	0.1331	-41.1683	19.0254	-14.8056
4	6.0242	-10.6453	0.9184	21.3495	-7.036	16.112	0.0416	0.4059	0	0.6664	-1.0539	-0.8295	-0.2191	0.7923	1.0124	0.439	-0.157	-0.4052	0.3817	0.0775	0.444	-24.5806	16.9806	-3.5772
5	2.8755	-0.158	0.3385	1.4476	0.1677	3.8023	0.1049	-0.2187	-0.0641	-0.0127	-0.0185	-0.193	-0.192	0.1177	-0.0864	0.2914	-0.0206	-0.0259	0.2497	-0.023	0.1561	-9.7687	6.3295	-11.3138
6	1.6285	0.6266	0.1395	0.2683	0.0043	0.1101	-0.093	-0.0387	0.1014	0.0137	0.0264	0.0231	-0.1236	-0.0423	0.0667	0.3368	0.0556	-0.0032	0.2846	-0.0097	0.2054	-25.0869	-1.9951	-22.3369
7	3.6984	-0.0509	-1.2329	3.9506	1.9664	6.27	-0.1593	-0.0648	0.2142	-0.0353	0.1034	0.2234	-0.3428	-0.1308	0.0559	0.2311	0.0926	0.0637	0.3614	0.028	0.0817	-38.4354	-8.0529	-18.5204
8	8.9912	9.6052	-11.7285	11.3951	-10.2042	20.0871	0.6712	0.5326	0.6471	0.8456	0.2017	0.6774	-0.6823	-1.2496	-0.8729	0.1086	0.0479	0.081	1.3133	0.2044	0.0856	-43.774	-18.8461	-9.4377
9	8.4212	3.2472	-7.2299	5.643	-6.1566	8.9482	-0.1715	0.1662	-0.3358	-0.2113	-0.038	-0.3137	0.1157	-0.2439	0.2095	0.3569	0.0726	0.0585	0.3776	0.0569	0.266	-29.4524	-16.6386	-26.9149
10	3.1492	0.8835	0.2512	1.8215	0.2672	0.33	-0.0006	0.1115	-0.1374	-0.0802	0.1244	-0.1472	0.1588	0.144	-0.1238	0.2983	-0.0002	0.0171	0.2518	0.0047	0.1995	-9.7819	-2.5268	-22.1008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	10 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	58 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	86 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	98 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	115 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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