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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vnj | ||||||
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タイトル | Crystal structures of D-Psicose 3-epimerase with D-psicose from Clostridium cellulolyticum H10 | ||||||
要素 | Xylose isomerase domain protein TIM barrel | ||||||
キーワード | ISOMERASE / D-Psicose 3-epimerase / ketohexose | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-psicose 3-epimerase / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / cobalt ion binding / manganese ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium cellulolyticum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, H.C. / Zhu, Y. / Hu, Y. / Ko, T.P. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / Sun, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2012 タイトル: Crystal structures of D-psicose 3-epimerase from Clostridium cellulolyticum H10 and its complex with ketohexose sugars. 著者: Chan, H.C. / Zhu, Y. / Hu, Y. / Ko, T.P. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Ma, Y. / Guo, R.T. / Sun, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vnj.cif.gz | 253.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vnj.ent.gz | 202.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vnj_validation.pdf.gz | 477.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vnj_full_validation.pdf.gz | 498.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vnj_validation.xml.gz | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vnj_validation.cif.gz | 76.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33147.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium cellulolyticum (バクテリア) 株: H10 / 遺伝子: Ccel_0941 / プラスミド: pET-21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8I944 #2: 糖 | ChemComp-PSJ / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.2M tri-sodium citrate dehydrate, 17-20% Polyethylene Glycol 3350, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→25 Å / Num. obs: 93519 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 25.26 / Num. unique all: 9224 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VNI 解像度: 2.08→25 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→25 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.15 Å /
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