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- PDB-3vkz: 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vkz
タイトル3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 at atmospheric pressure
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / HIGH-PRESSURE / DIAMOND-ANVIL CELL / DAC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ISOPROPYLMALIC ACID / 3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Nagae, T. / Watanabe, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: High-pressure-induced water penetration into 3-isopropylmalate dehydrogenase
著者: Nagae, T. / Kawamura, T. / Chavas, L.M.G. / Niwa, K. / Hasegawa, M. / Kato, C. / Watanabe, N.
履歴
登録2011年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9414
ポリマ－40,6891
非ポリマー2523
水3,315184
1
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8828
ポリマ－81,3792
非ポリマー5036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area6830 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.797, 59.003, 76.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH


分子量: 40689.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: leuB, SO_4235 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codonplus(de3) Ril / 参照: UniProt: Q8E9N3, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-IPM / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / (2R,3S)-3-イソプロピル-D-リンゴ酸


分子量: 176.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / Mosaicity: 0.458 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, calcium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 31951 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.921 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.84-1.873.80.40816122.543189.3
1.87-1.913.80.35215782.566189.3
1.91-1.943.80.28815752.517189.6
1.94-1.983.80.25715962.391190.2
1.98-2.033.70.22816172.605190.3
2.03-2.073.80.216202.525190.9
2.07-2.123.80.17315852.727190.8
2.12-2.183.80.14816222.493191
2.18-2.253.80.12916162.677191
2.25-2.323.80.11216292.733190.7
2.32-2.43.70.10316142.715191.3
2.4-2.53.80.09316502.885191.5
2.5-2.613.80.08416262.694191.3
2.61-2.753.80.07516122.74190.6
2.75-2.923.80.06216023.019190.1
2.92-3.153.80.05316082.927190.1
3.15-3.463.90.04715983.483189.1
3.46-3.963.90.04315893.421187.9
3.96-4.993.90.04615504.187185.4
4.99-503.90.04914524.679178.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A05

1a05


解像度: 1.84→22.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.161 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 1620 5.1 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.1442 31907 89.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.72 Å2 / Biso mean: 26.2431 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20.08 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→22.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2759 0 14 184 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0222874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2071.9823892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9975381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86623.906128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55415503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0521524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5811.51828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8122922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.30531046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8714.5961
LS精密化 シェル解像度: 1.838→1.885 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 107 -
Rwork0.199 2140 -
all-2247 -
obs--86.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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