PDB-3vjz: Crystal structure of the DNA mimic protein DMP19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vjz

タイトル

Crystal structure of the DNA mimic protein DMP19

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

GENE REGULATION / helix bundle / DNA mimic

機能・相同性

A middle domain of Talin 1 - #60 / Domain of unknown function DUF4375 / Domain of unknown function (DUF4375) / A middle domain of Talin 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DUF4375 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Neisseria conserved protein DMP19 is a DNA mimic protein that prevents DNA binding to a hypothetical nitrogen-response transcription factor
著者: Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Wu, M.-L. / Ku, S.-C. / Wu, H.-J. / Wang, A.H.-J.

履歴

登録	2011年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vjz.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vjz.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vjz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vjz_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vjz_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	3vjz_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3vjz_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vk0C 3vkq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k1g-3 5n70-1 3k1g-7 5n7n-4 5n7q-1 5n71-d 3jzu-1 6uak-d 3jw7-4 3ik4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.878, 65.309, 59.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / DMP19 分子量: 18666.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: NMB0541 / プラスミド: pEt16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K0P4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M Ammonium sulfate, 200mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100mM Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418, 1.0397, 1.0229, 1.0400

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.0397	1
3	1.0229	1
4	1.04	1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 30584 / Num. obs: 30584 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 47.3

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3027 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2096	1457	RANDOM
R_work	0.1698	-	-
all	0.1716	30569	-
obs	0.1716	29620	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.25 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2596	0	0	387	2983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.77456
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.018118

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.86 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3399	133	-
R_work	0.2787	-	-
obs	-	2692	88.76 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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