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- PDB-3vis: Crystal structure of cutinase Est119 from Thermobifida alba AHK119 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vis
タイトルCrystal structure of cutinase Est119 from Thermobifida alba AHK119
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / esterase / polyethylene terephthalate
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PET hydrolase-like / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / : / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermobifida alba (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Nakamura, R. / Nishimura, K. / Karatani, H. / Suzuki, H. / Kawai, F.
引用ジャーナル: POLYM.DEGRAD.STAB. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of cutinase Est119 from Thermobida alba AHK119 that can degrade modpolyethylene terephthalate at 1.76 A resolution.
著者: Kitadokoro, K. / Thumarat, U. / Nakamura, R. / Nishimura, K. / Karatani, H. / Suzuki, H. / Kawai, F.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7853
ポリマ－66,4302
非ポリマー3541
水8,179454
1
A: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5702
ポリマ－33,2151
非ポリマー3541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2151
ポリマ－33,2151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.989, 88.732, 71.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 33215.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida alba (バクテリア) / 株: AHK119 / 遺伝子: est2 / プラスミド: pQE80L-est119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7IX06
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 25% (w/v) PEG 1000, 0.2M sodium chloride, 0.1M sodium potassium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→56.8 Å / Num. all: 44072 / Num. obs: 41770 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0081精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.76→56.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.559 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19615 2222 5.1 %RANDOM
Rwork0.14997 ---
obs0.15237 41770 96.32 %-
all-43992 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å20 Å2-2.09 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→56.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4020 0 24 454 4498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0224146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1741.9595640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9275519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64222.787183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31815626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7671536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213206
LS精密化 シェル解像度: 1.762→1.808 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 142 -
Rwork0.19 2955 -
obs--92.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51960.03880.32260.8506-0.00640.3642-0.0339-0.00820.0054-0.08310.0214-0.0317-0.0103-0.01060.01250.0322-0.00730.0340.05260.00530.04923.4905-26.783523.6601
20.56720.02090.64870.4682-0.0081.1984-0.02240.00140.0064-0.03960.04690.0301-0.01020.0321-0.02450.0164-0.00790.00830.02250.00610.022822.3826-0.67782.7135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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