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- PDB-3vhx: The crystal structure of Arf6-MKLP1 (Mitotic kinesin-like protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vhx
タイトルThe crystal structure of Arf6-MKLP1 (Mitotic kinesin-like protein 1) complex
要素
  • ADP-ribosylation factor 6
  • Kinesin-like protein KIF23
キーワードCELL CYCLE/SIGNALING PROTEIN / Small GTPase / GTP Binding / Flemming body / Cytokinesis / CELL CYCLE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


centralspindlin complex / TBC/RABGAPs / MET receptor recycling / erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / Mitotic Telophase/Cytokinesis / mitotic spindle elongation / negative regulation of dendrite development ...centralspindlin complex / TBC/RABGAPs / MET receptor recycling / erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / Mitotic Telophase/Cytokinesis / mitotic spindle elongation / negative regulation of dendrite development / mitotic spindle midzone assembly / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / regulation of Rac protein signal transduction / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / protein localization to endosome / negative regulation of protein localization to cell surface / ruffle assembly / positive regulation of keratinocyte migration / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / endocytic recycling / thioesterase binding / Flemming body / Kinesins / filopodium membrane / protein localization to cell surface / kinesin complex / cortical actin cytoskeleton organization / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / positive regulation of actin filament polymerization / hepatocyte apoptotic process / regulation of neuron projection development / positive regulation of cytokinesis / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / regulation of presynapse assembly / ruffle / signaling adaptor activity / MHC class II antigen presentation / liver development / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / spindle / recycling endosome membrane / mitotic spindle / GDP binding / protein transport / nervous system development / myelin sheath / presynapse / G protein activity / midbody / cell cortex / microtubule binding / early endosome membrane / microtubule / cell differentiation / postsynapse / endosome / cell division / focal adhesion / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain / Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain / Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain superfamily / Arf6-interacting domain of mitotic kinesin-like protein 1 / ADP-ribosylation factor 6 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Kinesin-like protein / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type ...Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain / Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain / Kinesin-like protein Kif23, Arf6-interacting domain superfamily / Arf6-interacting domain of mitotic kinesin-like protein 1 / ADP-ribosylation factor 6 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Kinesin-like protein / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 6 / Kinesin-like protein KIF23
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Makyio, H. / Takei, T. / Ohgi, H. / Takahashi, S. / Takatsu, H. / Ueda, T. / Kanaho, Y. / Xie, Y. / Shin, H.W. / Kamikubo, H. ...Makyio, H. / Takei, T. / Ohgi, H. / Takahashi, S. / Takatsu, H. / Ueda, T. / Kanaho, Y. / Xie, Y. / Shin, H.W. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Wakatsuki, S. / Nakayama, K.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for Arf6-MKLP1 complex formation on the Flemming body responsible for cytokinesis
著者: Makyio, H. / Ohgi, M. / Takei, T. / Takahashi, S. / Takatsu, H. / Katoh, Y. / Hanai, A. / Ueda, T. / Kanaho, Y. / Xie, Y. / Shin, H.W. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Kawasaki, M. / Kato, R. / ...著者: Makyio, H. / Ohgi, M. / Takei, T. / Takahashi, S. / Takatsu, H. / Katoh, Y. / Hanai, A. / Ueda, T. / Kanaho, Y. / Xie, Y. / Shin, H.W. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Wakatsuki, S. / Nakayama, K.
履歴
登録2011年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 6
B: Kinesin-like protein KIF23
C: ADP-ribosylation factor 6
D: Kinesin-like protein KIF23
E: ADP-ribosylation factor 6
F: Kinesin-like protein KIF23
G: ADP-ribosylation factor 6
H: Kinesin-like protein KIF23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,30717
ポリマ－134,0258
非ポリマー2,2829
水1,892105
1
A: ADP-ribosylation factor 6
B: Kinesin-like protein KIF23
C: ADP-ribosylation factor 6
D: Kinesin-like protein KIF23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1078
ポリマ－67,0124
非ポリマー1,0954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
2
E: ADP-ribosylation factor 6
F: Kinesin-like protein KIF23
G: ADP-ribosylation factor 6
H: Kinesin-like protein KIF23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1999
ポリマ－67,0124
非ポリマー1,1875
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.743, 174.573, 76.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
ADP-ribosylation factor 6


分子量: 19990.898 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-175 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arf6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62331
#2: タンパク質
Kinesin-like protein KIF23 / Kinesin-like protein 5 / Mitotic kinesin-like protein 1


分子量: 13515.261 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 794-911 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF23, KNSL5, MKLP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02241

-
非ポリマー , 4種, 114分子

#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 4000, 0.05M ammonium sulfate, 0.005M magnesium chloride, 0.1M sodium cacodylate, 0.25-1.0% v/v ethyl acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.809→87.286 Å / Num. all: 29002 / Num. obs: 28794 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J5X

2j5x


解像度: 2.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 32.573 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 1461 5.1 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
all0.262 29002 --
obs0.2027 28749 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.52 Å2 / Biso mean: 55.8034 Å2 / Biso min: 16.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å2-2.09 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8416 0 138 105 8659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.97411584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39451017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15324.185399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.126151533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0561563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2851.55099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55828273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.79233442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.384.53311
LS精密化 シェル解像度: 2.809→2.881 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 99 -
Rwork0.311 1855 -
all-1954 -
obs--91.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9801-1.4730.53545.72881.03554.01660.0144-0.0317-0.17140.3410.1607-0.28170.45890.0528-0.17510.3755-0.0283-0.02030.1157-0.04380.2476-15.907-26.0405-6.673
23.93473.14233.43587.63635.04877.74450.1872-0.0912-0.0217-0.0477-0.0049-0.2468-0.065-0.0751-0.18230.22110.01530.04620.1678-0.01680.362-21.226-5.37582.4201
36.2509-1.38780.22714.16490.31172.9917-0.06-0.14050.2810.28760.16250.089-0.2545-0.0558-0.10250.0480.00290.01670.11960.02870.03077.29430.79318.428
44.5665-3.14384.63757.2104-4.53589.110.18070.1078-0.65850.18240.02-0.07760.2706-0.0189-0.20070.0790.0240.01060.1778-0.00340.2406-9.65214.60119.921
55.5892-0.51450.49793.6167-0.08113.6113-0.0144-0.05430.40290.23750.20630.4284-0.2037-0.2717-0.19180.10220.00740.02390.21990.12460.1522-21.8023-54.7038-55.6046
63.3559-2.59121.65086.6733-2.13095.52840.16870.2733-0.0784-0.2738-0.1247-0.11570.30440.2583-0.0440.0497-0.0551-0.00040.22650.02070.0684-3.884-71.0509-55.5683
74.8226-1.87120.48386.58551.28935.6065-0.02070.2306-0.8206-0.312-0.40560.38160.4191-0.09460.42630.44530.0284-0.10110.21-0.19340.6862-1.882-113.089-32.909
84.28220.48291.19357.75552.77945.90240.16790.0041-0.5739-0.0815-0.3030.54890.0572-0.49340.13510.2232-0.0062-0.03250.2139-0.04290.3024.597-92.077-44.881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 173
2X-RAY DIFFRACTION1A184 - 185
3X-RAY DIFFRACTION1A186 - 193
4X-RAY DIFFRACTION2B695 - 800
5X-RAY DIFFRACTION2B808 - 814
6X-RAY DIFFRACTION3C12 - 173
7X-RAY DIFFRACTION3C184 - 185
8X-RAY DIFFRACTION3C186 - 213
9X-RAY DIFFRACTION4D695 - 800
10X-RAY DIFFRACTION4D808 - 819
11X-RAY DIFFRACTION5E12 - 173
12X-RAY DIFFRACTION5E184 - 185
13X-RAY DIFFRACTION5E186 - 207
14X-RAY DIFFRACTION6F699 - 800
15X-RAY DIFFRACTION6F808 - 824
16X-RAY DIFFRACTION7G12 - 173
17X-RAY DIFFRACTION7G184 - 185
18X-RAY DIFFRACTION7G186 - 188
19X-RAY DIFFRACTION8H713 - 800
20X-RAY DIFFRACTION8H808 - 815

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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