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- PDB-3vhm: Crystal structure of NPC-biotin-avidin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vhm
タイトルCrystal structure of NPC-biotin-avidin complex
要素Avidin
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Terai, T. / Maki, E. / Sugiyama, S. / Takahashi, Y. / Matsumura, H. / Mori, Y. / Nagano, T.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Rational development of caged-biotin protein-labeling agents and some applications in live cells
著者: Terai, T. / Maki, E. / Sugiyama, S. / Takahashi, Y. / Matsumura, H. / Mori, Y. / Nagano, T.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin
B: Avidin
C: Avidin
D: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,25318
ポリマ－54,8664
非ポリマー3,38714
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.020, 73.535, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Avidin


分子量: 13716.431 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701
#2: 化合物
ChemComp-NPK / 5-[(3aS,4R,6aR)-1-{[(1R)-1-(6-nitro-1,3-benzodioxol-5-yl)ethoxy]carbonyl}-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid


分子量: 481.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O9S
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % / Mosaicity: 0.354 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 44266 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.034.40.42422111.022197.1
2.03-2.074.40.37821740.963197.5
2.07-2.114.40.30721601.065197.6
2.11-2.154.40.30221931.032197.4
2.15-2.24.40.27821831.019197.5
2.2-2.254.40.29922001.892197.6
2.25-2.314.40.24421781.069198.1
2.31-2.374.40.18122170.97198
2.37-2.444.40.16922051.028198.1
2.44-2.524.40.14822010.972198.1
2.52-2.614.40.11522040.977198.2
2.61-2.714.40.1122030.985198.4
2.71-2.844.40.08621880.988198.6
2.84-2.994.30.06622471.053198.7
2.99-3.174.30.05422261.08198.8
3.17-3.424.30.04522271.139199
3.42-3.764.30.03822501.201199.1
3.76-4.314.30.03422371.149199.1
4.31-5.434.30.02722701.058199.2
5.43-504.10.02622921.06198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2244 / WRfactor Rwork: 0.1835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8462 / SU B: 3.57 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / SU Rfree: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 2228 5 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1907 44247 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.04 Å2 / Biso mean: 28.2242 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3821 0 218 202 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0224121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7091.9815602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7225484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92323.846169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.03915673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5371.52412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65823921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83531709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8764.51681
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 144 -
Rwork0.213 3055 -
all-3199 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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